Инициаторами дела Бейлиса явились крайне правые организации, их пресса и фракция в Государственной думе. Нет ничего удивительного, что черносотенцы, провозгласившие антисемитизм своей политической программой, говорили о возможности ритуальных убийств и о существовании всемирного еврейско-масонского заговора. Гораздо сложнее позиция правительства и подчиненных ему прокуратуры и полиции. Юрист Тагер считал, что правительство и «черная сотня» с самого начала действовали по единому плану. Историк М. Самьюел соглашался с ним и полагал, что основной целью этого плана было «повернуть вспять силы прогресса». В отличие от них, американский исследователь X. Рогтер не обнаружил в действиях властей ни глубокого замысла, ни даже тактического плана. По его оценке, дело Бейлиса являлось скорее попыткой небольшой группы политических деятелей и фанатиков навязать свои взгляды всей стране. «Они преуспели сверх всякого ожидания: они нашли добровольных союзников в двух могущественных министерствах, обеспечили одобрение императора и молчаливое содействие других членов правительства».
Мотивы чиновников, вставших на сторону ритуальной версии, могли быть различными. Одни увидели в загадочном убийстве очень редкое, но все-таки встречавшееся в судебных анналах преступление на религиозной почве. Они доказывали, что в иудаизме, так же как в христианстве и исламе, могут существовать отколовшиеся от канонического учения секты или помешавшиеся на религиозных вопросах фанатики, которые время от времени совершают изуверские обряды. Другие откровенно считали ритуал замшелой легендой, зато смотрели на громкое судебное дело как на великолепную возможность выдвинуться и сделать карьеру. Очевидно, большинство сторонников ритуального обвинения руководствовались не столько голым карьеризмом, сколько политическими интересами. Они стремились оградить исконные основы Российской империи, которые, по их убеждению, расшатывали инородцы. Дело Бейлиса возникло не сразу после убийства Ющинского и даже не одновременно с арестом приказчика кирпичного завода. Ему предшествовало внесение в Думу законопроекта об отмене черты оседлости и его отклонение, оно разворачивалось на фоне убийства евреем председателя Совета министров и разрыва американским Конгрессом торгового договора с Россией из-за ограничения прав евреев русским законодательством. Многим представителям власти пришлось отстаивать ритуальное обвинение не по внутреннему убеждению, а в силу корпоративной солидарности, что называется «по должности», так как в защиту Бейлиса сплотились все противники самодержавия.
Главным режиссером ритуального спектакля принято считать министра юстиции Щегловитова. В молодые годы он отдал дань распространенному среди юристов либерализму. Но по мере продвижения по служебной лестнице его взгляды становились все более консервативными. На министерском посту он запомнился снисходительностью к погромщикам и предупредительным отношением к крайне правым. Поверил ли он в виновность Бейлиса или сделал вид, что верит? На сей счет имеются самые разноречивые свидетельства. Во всяком случае, Щегловитов приложил немало усилий, чтобы приказчик кирпичного завода предстал перед судом.
За время следствия над Бейлисом сменилось три министра внутренних дел. Начало этой истории пришлось на эпоху Столыпина. Но каких-либо значительных следов его участия в этом деле не видно. Андрей Ющинский был убит как раз в тот день, когда Столыпин с большим трудом добился выхода из «министерского кризиса» 1911 г. В обстановке почти единодушного недовольства его действиями глава правительства вряд ли имел время контролировать расследование в Киеве. Стараясь восстановить связи с умеренной оппозицией и не желая окончательно портить отношения с крайне правыми, он занял позицию стороннего наблюдателя. Дело об убийстве окончательно приняло ритуальную окраску в последний месяц жизни Столыпина, но даже пребывание в Киеве не заставило его нарушить нейтралитет. Прокурор Чаплинский докладывал о ходе расследования сначала товарищу министра внутренних дел П.Г. Курлову, а затем непосредственно Николаю II.
А.А. Макаров, сменивший убитого Столыпина, добросовестно выполнял просьбы министра юстиции, касавшиеся киевского дела. Только однажды, да и то не по своей инициативе, министр внутренних дел вмешался в дело Бейлиса. Получив письмо от киевского губернатора Гирса о том, что назначенный на осень 1912 г. судебный процесс может осложнить выборы в IV Государственную думу, министр внутренних дел слово в слово повторил его аргументы в письме к Щегловитову и присоединился к просьбе губернатора перенести процесс на другое время. Щегловитов немедленно ответил: «Сообщить совершенно конфиденциально старшему председателю Киевской судебной палаты, прося его содействия к удовлетворению желания министра внутренних дел».