Разумеется, власти не только требовали бдительности от полиции и держали под контролем крайне правых. Начальник губернского жандармского управления полковник Шредель рапортовал губернатору об агитации в защиту Бейлиса в печати и «среди рабочего пролетариата путем распространения подпольных гектографированных листков». Жандарм заключал: «Несомненно, что все эти выпады инсценируются при закулисном руководстве со стороны еврейской буржуазной интеллигенции, через представителей всемогущего ее “кагала”. Такая настойчивая и односторонняя обработка умов представителей крайне экзальтированного племени, каким являются евреи, способствует укоренению в них убеждения, что они будто бы действительно претерпевают жестокие гонения». Шредель предлагал предупредить руководителей «кагала», что своим поведением они могут вызвать еврейский погром. С одобрения министра Суковкин вызвал к себе раввина Гуревича и потребовал от него повлиять на еврейскую молодежь.
Суд над Бейлисом начался 25 сентября 1913 г. — спустя 30 месяцев после убийства Ющинского и 26 месяцев после ареста подсудимого. Суд привлек в Киев множество русских и иностранных корреспондентов. На городском телеграфе срочно пришлось устанавливать дополнительные телеграфные аппараты. В течение полутора месяцев дело Бейлиса вытесняло другие события с газетных полос.
Председателем суда был назначен Ф.А. Болдырев. Он не был известен такими же откровенными симпатиями к крайне правым, как Щегловитов. Однако, даже по оценке полицейских чиновников, Болдырев «если в начале процесса и вел таковой мягко и беспристрастно… то впоследствии стал заметно склоняться на сторону обвинения». Впрочем, председатель и члены суда только вели судебные заседания. Судьба Бейлиса находилась в руках 12 присяжных заседателей.
Подбор присяжных заседателей вызвал всеобщее возмущение. Писатель В.Г. Короленко, принимавший горячее участие в защите людей от ритуальных обвинений (он разоблачил Мултанское дело), делился впечатлениями о киевском жюри: «Пять деревенских кафтанов, несколько шевелюр, подстриженных на лбу, все на одно лицо, точно писец с картины Репина “Запорожцы”. Несколько сюртуков, порой довольно мешковатых. Лица то серьезные и внимательные, то равнодушные, двое нередко “отсутствуют”… Особенно один сладко дремлет по получасу, сложив руки на животе и склонив голову. Состав по сословиям — семь крестьян, три мещанина, два мелких чиновника. Два интеллигентных человека попали в запасные. Старшина — писец контрольной палаты. Состав для университетского центра, несомненно, исключительный».
Расчет судебных властей строился на том, что малограмотных крестьян и мещан, среди которых были распространены антисемитские настроения, гораздо легче убедить в существовании кровавого ритуала.
С другой стороны, чиновник Департамента полиции Любимов предсказывал в письме к Белецкому: «Мое глубокое убеждение, а хотелось бы, чтобы оно было ошибочным, — что Бейлиса оправдают. Уж очень сомнителен старшина Мельников и еще 2–3, кажется, “сознательных” присяжных заседателей, они смогут направить всех темных крестьян куда захотят». Чтобы быть в курсе настроений присяжных, полицейские власти переодели в форму курьеров суда двух жандармских нижних чинов. Они сообщали полицейским чиновникам (а те в свою очередь информировали прокурора) о разговорах в комнате присяжных. Нечего и говорить, что это являлось грубейшим нарушением судебных уставов и покушением на судебную тайну.
При подготовке процесса Щегловитов высказывал мнение, что даже самое безнадежное обвинение может быть исправлено благодаря умелому прокурору. Министр добавлял, что у него есть на примете подходящий кандидат в обвинители. Им стал товарищ прокурора Петербургской судебной палаты О.Ю. Виппер. О нем можно сказать только то, что он был очень честолюбивым и исполнительным, судейским чиновником из семьи прибалтийских немцев.
В суде также участвовали три поверенных гражданских истцов. По закону они представляли интересы пострадавшей стороны, в данном случае родственников убитого Ющинского. Но в киевском процессе их главной задачей стала не защита, а помощь обвинению. Родственники Ющинского первоначально не собирались предъявлять иск Бейлису. Но черносотенцы буквально заставили Александру Приходько и других родственников подписать соответствующие прошения. Один из поверенных истцов, киевский юрист Дурасевич, не играл на процессе заметной роли. Зато двое других — А.С. Шмаков и Г.Г. Замысловский — были весьма примечательными фигурами.
Шмаков считался среди черносотенцев специалистом по еврейскому вопросу. Он был автором 600-страничных «Еврейских речей» и незадолго до процесса выпустил целое исследование — «Международное тайное правительство», — посвященное «масоно-еврейскому заговору». Шмаков участвовал в ряде процессов о погромах, например в гомельском.