Если верить рассказу Джунковского, в котором он предстает в самом выгодном свете и который противоречит версии Белецкого, за все время сотрудничества Малиновского с охранкой Белецкий ни разу не докладывал об этом Джунковскому и не советовался с ним, будучи уверен, что тот не потерпит беззакония и политических махинаций. А потому, утверждает Джунковский, он пребывал в полном неведении до апреля 1914 г., когда в унаследованном от предшественника обширном архиве Брюн обнаружил дело Малиновского. По словам Джунковского, он был возмущен тем, что член Думы является агентом охранки, и будто бы тотчас приказал Малиновскому подать прошение об отставке председателю Думы М.В. Родзянко и покинуть пределы России, назначив ему, однако, пенсию в размере 6 тыс. руб., что равнялось его последнему полицейскому жалованью. Как сообщает Родзянко, о причине отъезда Малиновского он узнал всего несколько дней спустя от Джунковского, который просил его не предавать дело огласке. Джунковский рассказал, что Малиновский был секретным агентом, и обещал впредь избавить Думу от осведомителей.
Возможно, Джунковский раскрыл карты, так как решил, что рано или поздно роль Малиновского всплывет наружу, и почел за благо сразу откровенно признаться во всем Родзянко.
Есть, правда, и другое объяснение: не исключено, что как раз весной 1914 г. Джунковский посчитал политическую ситуацию благоприятной для отставки Малиновского. Ведь своим растущим влиянием среди рабочих большевики были тогда во многом обязаны именно громкой популярности Малиновского, и странный отъезд этого глашатая масс мог насторожить общественное мнение и позволить охранке распространить дезинформацию — а то и правду — о Малиновском, чтобы нанести большевикам моральный урон и отпугнуть от них сочувствующих.
Ленин, признав в 1917 г., что допустил ошибку, защищая Малиновского, заявил тем не менее, что Малиновский своей работой принес большевикам огромную пользу; зато когда после революции Малиновский опрометчиво явился к большевикам и попробовал уверить их, что он преданный член партии, которого грубым шантажом заставили работать на охранку, те, недолго думая, расстреляли его. А вот какой итог делу Малиновского подвел бывший товарищ министра внутренних дел Джунковский: «Думаю, что Д-у полиции от него было пользы немного, вернее, он отвлекал внимание Белецкого от серьезных дел».
По поводу же собственной причастности к делу Джунковский утверждал, что знай он во время выборов в Думу осенью 1912 г., когда был губернатором Москвы, о незаконном выдвижении Малиновского в кандидаты — не допустил бы его избрания. На вопрос, почему он не привлек Белецкого к суду, как только узнал, что тот совершил преступление, проведя Малиновского в Думу, Джунковский дал вполне правдоподобное объяснение: «Просто не хотелось скандала».
Как бы то ни было, возмущение Джунковского в отношении махинаций с Малиновским вполне согласуется с его попытками ограничить чрезмерное и противозаконное использование осведомителей и провокаторов. Более того, если у них с Белецким действительно возник серьезный конфликт из-за ухода Малиновского, возможно, Джунковский тем самым дал в руки Белецкому еще один козырь против себя, который впоследствии будет пущен в ход, — еще один, помимо их предполагаемых разногласий о сокращении численности сотрудников охранки.
Дело в том, что ко времени выхода Малиновского в отставку Джунковскому удалось настолько сократить штат секретных агентов, что, по его расчетам, в бюджете Департамента полиции на 1914 г. должно было высвободиться 500 тыс. руб. Основную часть этой суммы сэкономили за счет упразднения охранных отделений, но, кроме того, он, к примеру, снял часть охраны на Фонтанке, 16, и оставил лишь 50 из 100 человек, охранявших мать Николая II, вдовствующую императрицу Марию Федоровну. Он потребовал также от своих подчиненных, чтобы они заранее получали разрешение на все операции, требующие значительных затрат.
В своих воспоминаниях Джунковский сообщает, что к тому времени, как он стал курировать полицию, бюджет был непомерно раздут и фонды, выделенные правительством Министерству внутренних дел на тайную полицию в 1913 г., превышали 5 млн руб., из них 1,5 млн поступило из 10-миллионного секретного фонда. Вдобавок много средств расходовалось вне бюджета Министерства внутренних дел, например Министерство юстиции выплачивало жалованье шестерым охранникам своего министра; да и в самом Министерстве внутренних дел расходы производились официально как бы не из бюджета тайной полиции, однако были направлены в основном именно на ее нужды — скажем, ассигнование 208 тыс. руб. на укрепление жандармерии в губерниях.