По некоторым сведениям, министр лояльно относился к проповедям «старца» и даже просил того помолиться за дочь, раненную при взрыве на Аптекарском острове. Распутин сетовал, что министр сначала был его «лучшим другом», а потом превратился во врага. Напротив, Герасимов утверждал, что до его доклада Столыпин не имел ни малейшего представления о существовании Распутина — факт более чем сомнительный. Товарищ министра П.Г. Курлов вспоминал, как однажды Столыпин принял «старца» в своем кабинете. После его ухода министр задумчиво сказал Курлову: «А нам все-таки придется с ним повозиться».
Департамент полиции подобрал материалы о порочном поведении Распутина, и министр доложил об этом на аудиенции в Царском Селе. Доклад Столыпина явился первым из серии докладов, представленных различными должностными лицами и одинаково отвергнутых императором. Когда дочь Столыпина спросила его о «старце», он сказал с глубокой печалью в голосе: «Ничего сделать нельзя. Я каждый раз, как к этому представляется случай, предостерегаю государя. Но вот что он мне недавно ответил: “Я с вами согласен, Петр Аркадьевич, но пусть будет лучше десять Распутиных, чем одна истерика императрицы”».
Столыпин пытался действовать на собственный страх и риск, отдав приказ задержать «старца» и выслать его из столицы. Операцию предполагалось провести в полнейшей тайне, однако служащие охранного отделения оказались не на высоте. Распутин сумел ускользнуть от их преследования и несколько недель скрывался во дворцах своих высокопоставленных поклонников, куда полиция не имела доступа. Затем «старец» выехал на родину. Столыпину удалось временно нейтрализовать распутинское влияние, но о полном успехе не могло быть речи. Ближайший помощник премьер-министра говорил ему: «…вы сильный, талантливый человек, вы многое можете сделать, но предостерегаю вас, не боритесь с Распутиным и его приятелями, на этом вы сломаетесь».
В конце августа 1911 г. Распутин заехал в Нижний Новгород и предложил тамошнему губернатору А.Н. Хвостову пост министра внутренних дел. Реакция губернатора была незамедлительной: «…я, во-первых, приказал полицмейстеру Ушакову, человеку очень внушительного вида и решительному, посадить Распутина в вагон поезда, отходящего на Петроград, а во-вторых, на прощание сказал Распутину, что если бы царю я понадобился, так он сам бы сделал мне это предложение, вызвав меня к себе или подняв вопрос об этом при последнем моем личном докладе, а что рассматривать его, Распутина, как генерал-адъютанта, посланного мне царем с таким поручением, я не могу».
Предложение Распутина было гораздо серьезнее, чем могло показаться на первый взгляд. Политическая смерть Столыпина была уже предрешена, а Распутин, как говорили, предрек ему и физическую гибель. Увидев на киевской улице коляску Столыпина, он заметался: «Смерть за ним едет, за ним, за Петром». Преемникам Столыпина, не пользовавшимся такой властью и авторитетом, было еще труднее бороться со «старцем» и его окружением.
Между тем шум вокруг имени Распутина становился все громче. В декабре 1911 г. разразился грандиозный скандал с участием епископа Гермогена, иеромонаха Илиодора (С.М. Труфанова) и юродивого Мити Козельского (Д. Попова). Каждый из них имел свои счеты со «старцем». Гермоген жестоко раскаивался в том, что помог недостойному человеку приблизиться к царской семье. Юродивому Мите более сильный конкурент перебил всю практику.
Наиболее колоритной фигурой в этой троице был иеромонах Илиодор. Он являлся одним из видных деятелей «Союза русского народа» и доставил Столыпину множество хлопот. Иеромонах объявил, что царь окружен жидомасонами, а премьер-министр — это главный изменник. По свидетельству одних современников, иеромонах был просто ненормальным, по отзывам других — он являлся хитрым демагогом-политиканом. Заявления Илиодора были бы смешными, если бы он не оказывал буквально магнетическое воздействие на своих слушателей (в основном на женщин из простонародья) и не доводил их до состояния транса истерической патетикой. Огромные толпы стекались на монастырское подворье в Царицыне, где иеромонах выступал с зажигательными проповедями. Столыпину пришлось отдать много сил для борьбы с «бешеным монахом», как он называл Илиодора.
Иеромонах познакомился с Распутиным еще в 1903 г., т. е. в самом начале карьеры последнего. Долгое время он поддерживал «старца», принимал его у себя в Царицыне, гостил у него дома в селе Покровском. Илиодор пояснял, что только спустя несколько лет у него открылись глаза на подлинную сущность Распутина.