Еще неприятнее были объяснения с полицией. Секретная сотрудница З.Ф. Жученко (Гернгросс) донесла, что покушение было подготовлено эсером Азефом. Ему пришлось выдержать резкий разговор с Рачковским, который в присутствии Герасимова кричал: «Это его дело в Москве!» Прошло несколько месяцев, прежде чем он смог восстановить доверие к себе. Больше всего этому способствовала сложная операция, задуманная совместно Азефом и Герасимовым. «Основная идея нашего плана, — свидетельствовал начальник охранного отделения, — заключалась в том, чтобы целым рядом систематически проводимых мероприятий фактически парализовать работу Боевой организации и побудить ее и партию прийти к выводу о полной невозможности центрального террора». Отдельные элементы этой тактики были опробованы при подготовке покушения на министра внутренних дел П.Н. Дурново, но весь механизм был пущен в ход во время слежки за П.А. Столыпиным.
Группа террористов во главе с Савинковым пыталась нащупать слабое место в охране Зимнего дворца, который царь предоставил премьер-министру после взрыва на Аптекарском острове. Рассматривались различные варианты нападения: при выходе из дворца, на борту яхты, даже на мосту через Неву, под которым должен был проплывать катер с министром. Следившие за Столыпиным террористы не подозревали, что сами находятся под пристальным наблюдением полиции. Среди боевиков, как и рассчитывал Герасимов, созрело убеждение в безнадежности затеи. Наконец, Азеф и его помощник объявили об этом на заседании ЦК партии и подали в отставку. Осенью 1907 г. было принято решение возобновить «центральный террор». Азеф вновь возглавил боевиков. С точки зрения Герасимова, его агент продолжал выполнять их совместный план. В этот период весь политический розыск в столице строился на указаниях Азефа. От него зависела даже свобода передвижения царя. Если он гарантировал отсутствие в городе террористов, охранное отделение давало «добро» на выезд. Когда он предупреждал об опасности, царь не покидал своей резиденции.
Как раз в момент наивысшего доверия со стороны полиции Азеф начал подготовку террористического акта, который должен был достойно увенчать его революционную карьеру. Речь шла о цареубийстве. Эсеры сумели завербовать двух матросов из команды крейсера, строившегося по русскому заказу на шотландских верфях. Азеф передал им револьверы и получил взамен прощальные письма, которые обычно оставляли боевики, шедшие на верную смерть. Николай II поднялся на борт крейсера на морском параде в Кронштадте в октябре 1908 г., но сошел на берег целым и невредимым. Несколько лет спустя Азеф высказывал сожаление, что обстоятельства не позволили ему совершить цареубийство. Трудно сказать, насколько серьезными были его намерения. Вполне вероятно, что Азеф, как искушенный психолог, не поверил в решимость молодых матросов и разыгрывал роль организатора цареубийства исключительно для товарищей по партии. С другой стороны, он не мог гарантировать полной безопасности монарха, особенно скрыв от Герасимова всю информацию по этому поводу.
Пятнадцать лет Азеф выполнял свои агентурные обязанности, и каждый день из этих пятнадцати лет грозил стать для него последним. Многие из тех, кому доводилось сталкиваться с Азефом, и еще большее число тех, кто никогда с ним не встречался, утверждали, что эсеры могли без труда разоблачить предателя — уж очень роскошную жизнь он вел в последние годы. Все эти доводы появились задним числом. Действительная или мнимая неосторожность не принесла Азефу вреда.
Настоящая опасность грозила ему с другой стороны, и предотвратить ее он был совершенно бессилен. По идейным соображениям или из чувства мести некоторые полицейские чиновники искали контакта с нелегальными организациями и предупреждали о секретной агентуре. Донесения Азефа пестрят подобными фактами, причем комментарии постепенно менялись от доверительного «счел долгом это вам сообщить… Прошу вас деликатно это использовать» до язвительного «право, удивляюсь, что Департамент не может конспиративно устроить свои дела».
Первое предупреждение об Азефе относилось к 1903 г. Оно поступило от мелкого осведомителя, который обиделся на «старшего сыщика» и рассказал студенту Н. Крестьянинову, что всей работой эсеров в столице руководит секретный агент. Крестьянинов добился создания партийной комиссии для рассмотрения дела, но не сумел ничего доказать.