Учитывая важность поставленных руководством страны и Комитетом госбезопасности перед погранвойсками задач, особые отделы при обеспечении безопасности войск на территории ДРА уделяли много внимания контрразведывательному обеспечению боевых операций. При этом усилия органов военной контрразведки в погранвойсках направлялись на: своевременное получение через оперативных источников из числа афганцев упреждающей информации о планах и намерениях иностранных спецслужб и бандформирований, готовящихся ими разведывательно-подрывных акциях против загранобъектов войск и непосредственно через государственную границу; надежную контрразведывательную защиту сведений о планируемых командованием чекистско-войсковых операциях; ограждение войск от агентурного проникновения противника; осуществление совместно с командованием и разведаппаратами войск дезинформационных мероприятий для введения противника в заблуждение и отвлечения его сил и средств на негодные объекты; пресечение в ходе операций возможного перехода отдельных военнослужащих на сторону врага, захвата мятежниками наших военнослужащих; предупреждение негативных проявлений, наносящих политический урон, снижающих боеготовность войск, а также решение других вопросов.
Большое значение в тот период времени уделялось борьбе с попытками втягивания наших пограничников в преступные действия, связанные с распространением наркотиков, а также с фактами их контрабанды через советко-афганскую границу.
Только за 1985–1986 гг. особыми отделами Среднеазиатского пограничного округа была пресечена 41 попытка втянуть пограничников заграобъектов в употребление наркотиков, а в 8 случаях у военнослужащих было изъято 200 г. нарковеществ, приобретенных у афганцев.
В апреле 1986 г. по материалам Особого отдела по КСАПО следственным сектором Особого отдела по Туркестанскому военному округу (ТуркВО) было возбуждено уголовное дело в отношении военнослужащего КСАПО «М», который по возвращению из Кабула реализовал в г. Мары Туркменской ССР приобретенные у иностранцев 1 кг 200 г терьяка и 40 г героина.
В феврале 1985 г. в результате проведенных совместных мероприятий Особого отдела по Термезскому пограничному отряду и УКГБ по Сурхан-Дарьинской области был задержан с поличным в момент изъятия 2,5 кг наркотиков из тайника, оборудованного в железнодорожном транспорте, объект заинтересованности территориальных органов КГБ из числа железнодорожников.
В 1986 г. по данным Особого отдела по КСАПО в окружении заграобъекта «Карези-Ильяс» была обезврежена агентурная группа спецслужб Ирана в составе кадрового сотрудника и двух агентов «Корпуса стражей исламской революции» (КСИР), арестованы 6 агентов бандформирований.
В 1986 г. было выявлено и пресечено 23 попытки иностранцев втянуть пограничников в употребление и распространение наркотиков.
Путем ареста была пресечена враждебная деятельность гражданина Афганистана «Х», который по заданию бандгрупп распространял наркотики среди военнослужащих загранобъекта «Калай-Куф» Хорогского пограничного отряда.
В 1986 г. была завершена реализация уголовных дел, возбужденных по материалам Особого отдела по КСПО, на группу военнослужащих КПП «Кушка», которые в 1980–1983 гг. занимались контрабандной деятельностью, нанесли интересам государства ущерб в размере 1 млн. 340 тыс. рублей.
В общей сложности по уголовным делам проходили 11 военнослужащих пограничных войск, 2 из них были приговорены к различным срокам лишения свободы.
«В процессе контрразведывательного обеспечения операций мотоманевренных групп по очистке афганского прикордонья от бандформирований Особыми отделами КГБ СССР по Керкинскому и Термезскому ПОГО выявлено и по их информации органами государственной безопасности ДРА арестовано 9 агентов контрреволюционных организаций, предпринимавших попытки к сбору информации о пограничных частях, склонению отдельных военнослужащих к переходу на сторону врага.
Особыми отделами по Пянджскому, Термезскому погранотрядам сорваны попытки противника к захвату на объектах «Имам-Сахиб» и «ТашКурган» двух офицеров погранвойск.
В декабре 1983 г. по информации Особого отдела КГБ СССР по Керкинскому погранотряду через органы госбезопасности ДРА путем задержания была пресечена деятельность гражданина ДРА «А» по склонению военнослужащего пограничного отряда, узбека по национальности, к уходу в банду.