В связи с тем, что пограничные подразделения вводились в Афганистан под видом подразделений Советской армии, перед военными контрразведчиками стояла задача исключить утечку данных по подготовке пограничных подразделений для ввода в Афганистан. С этой целью совместно с командованием отряда был разработан и осуществлен комплекс мероприятий, в том числе по доведению до местного населения кишлака Мургаб, где дислоцировались подразделения отряда, легенды прикрытия. Была активизирована работа с оперативными источниками как в окружении, так и в подразделениях отряда по выявлению возможных попыток получения противником информации об истинных целях мероприятий, проводимых в отряде, и каналах возможной утечки такой информации.
Одновременно с этим особым отделом накануне ввода подразделений в Афганистан были проведены мероприятия с привлечением подразделений радиоконтрразведки по выявлению возможных агентурных радиоканалов связи, как в ближайшем окружении пограничного отряда, так и на маршрутах выдвижения подразделений.
После выставления группировок в Базаи-Гумбаде и Сархаде остро встал вопрос об оперативной работе в окружении объектов, так как по поступавшей из различных источников информации, душманы активно пытались получить сведения об обороне объектов и замыслах командования. Данные об устремлениях противника, возможной осведомленности и его агентурных источниках можно было получить, только приобретя источники информации среди местных жителей. На этом направлении и были, в первую очередь, сосредоточены усилия оперативного состава. Во многом помогало решать задачу и тесное взаимодействие с офицерами разведподразделения пограничного отряда.
Поступавшая информация позволяла своевременно информировать командование и принимать меры по исключению внезапного нападения на группировки.
Почти за девять лет нахождения подразделений Мургабского отряда на территории Афганистана на них не было ни одного нападения душманов, так же как и прохода бандформирований через контролируемые ими участки границы с Пакистаном.
Не мало было сделано сотрудниками отдела и по предотвращению утрат и хищения оружия и боеприпасов, предупреждению небоевых потерь среди пограничников».
Боевая деятельность спецподразделений Пограничных войск и Особых отделов КГБ СССР по КСАПО и КВПО протекала в условиях острого вооруженного противоборства силам афганской контрреволюции, непрекращающихся диверсионно-террористических и других враждебных акций противника на Государственной границе СССР и против личного состава загранобъектов. Выполняя задачи по обеспечению безопасности местного населения ДРА, приграничного населения СССР, предупреждению и пресечению вооруженных провокаций на границе и обстрела советской территории, спецподразделения погранвойск широко применяли такие виды боевых действий, как рейдирование боевых групп в зоне ответственности на особо опасных и уязвимых направлениях, выставление засад и блоков, обеспечение проводки транспортных колонн с народнохозяйственными грузами, широкомасштабные и локальные боевые и чекистско-войсковые операции силами нескольких мотомангрупп и десантно-штурмовых мангрупп по уничтожению действующих бандформирований. При этом в основу тактики действий пограничных подразделений были положены высокая мобильность, активные разведывательно-поисковые действия на широком фронте, нанесение по мятежникам упреждающих ударов, проведение агентурно-оперативных мероприятий в бандитских формированиях по их разложению и склонению к отказу от вооруженной борьбы.
Успешное выполнение войсками боевых задач в значительной степени зависело от надежного ограждения спецподразделений от разведывательно-подрывных устремлений иностранных спецслужб, зарубежных контрреволюционных центров афганской оппозиции и их бандформирований. В течение всего периода боевых действий контрразведывательная работа на загранобъектах погранвойск велась Особыми отделами по пограничным отрядам, непосредственное руководство которыми осуществляли специально созданные Особые отделы по Оперативной группе Среднеазиатского погранокруга в Душанбе и Оперативно-войсковой группе Восточного погранокруга в п. Ишкашим Горно-Бадахшанской Автономной области Таджикской ССР. Оперативные группы ГУПВ КГБ, КСАПО и КВПО планировали по единому замыслу широкомасштабные операции по очистке приграничных районов от наиболее активных бандгрупп, по уничтожению их опорных баз, мест хранения тяжелого вооружения и боеприпасов, которые использовались для обстрелов советских населенных пунктов, по захвату и уничтожению крупных караванов с оружием. Подготовка и проведение боевых операций по уничтожению мелких бандгрупп решались погранотрядами и полевыми оперативными группами погранотрядов.