Время работы Сергея Васильевича на этой должности характерно заметным укреплением связей юридических кафедр с практическими подразделениями, более конкретной стала правовая помощь ученых Школы подразделениям Комитета, более продуктивным их участие в законотворческой и нормотворческой деятельности. Практика работы ведущих ученых стала в парламентских комиссиях стала обычной. В эти годы Сергей Васильевич приложил много усилий для привлечения ведущих специалистов кафедры уголовного права к разработке новых «Основ уголовного законодательства Союза ССР». Вести эту тему было поручено профессору кафедры А.Е. Беляеву, которого он справедливо считал одним из лучших методологов в области уголовного права и законодательной техники. И не ошибся. В июне 1991 г. в проект документа был внесен целый ряд норм для будущей Общей части уголовных кодексов союзных республик, разработанных Александром Евгеньевичем. Позже, Сергей Васильевич полностью поддержал идею Беляева о необходимости в обозримом будущем разработки Специальной части уголовного кодекса. К сожалению, эти и многие другие законодательные предложения очень скоро канули в лету. Вместе со страной.
Важнейшей заслугой Сергея Васильевича по посту начальника Академии стали концепция и программа развития учебного заведения. Под его руководством были созданы основы нормативно-правовой базы для функционирования ВУЗа в условиях новых реалий. Его работоспособность, интеллект, демократизм в сочетании с требовательностью и принципиальностью во многом предопределили успешное достижение поставленных целей, которые реализуются и сегодня.
В сложный и ответственный для страны период строительства правового государства управленческий опыт и фундаментальные юридические знания Сергея Васильевича, как никогда, оказались востребованы на должности начальника Договорно-правового управления Федеральной службы безопасности Российской Федерации, которое он возглавлял с 1997 по 1999 г. Он всегда весьма серьезно относился к вопросам нормотворческой деятельности и принимал в ней самое непосредственное участие. Достаточно обстоятельной критике в свое время он подверг содержание главы уголовного кодекса 1996 г. об ответственности за государственные преступления, равно как и саму структуру его Особенной части. Так, в одной из своих монографий он писал: «В новом УК Российской Федерации государственные преступления (они названы, — «Преступления против основ конституционного строя и безопасности государства») предусматриваются в главе 29, а на первое место в Особенной части переместился раздел — «Преступления против личности». Думается, что такой подход носит во многом эмоциональный характер, как антитеза в оценке предшествующего исторического периода, отдававшего приоритет государственным интересам. Плодотворным же, по нашему мнению, представляется взгляд на указанную триаду ценностей не арифметический (кто на первом месте), а функциональный, с позиций их неразрывной взаимосвязи и взаимозависимости. Ведь каждому ясно: сколько не ставь на первое место личность, ее права и свободы, реальная защищенность не будет обеспечена, если слабы и недееспособны институты государственной власти. В новом УК родовым объектом государственных преступлений названы «Основы конституционного строя и безопасность государства». Основы же конституционного строя, как говорится в самой Конституции, — это положения, в которых речь идет о защите интересов и личности, и общества, и государства. Такая широта защищаемых общественных отношений может быть адекватна, пожалуй, задачам, стоящим перед уголовным кодексом в целом, но никак одной главы». К сожалению, законодатель не посчитал необходимым учесть эти конструктивные замечания, что не самым лучшим образом до сих отражается на качестве уголовно-правовой охраны государственной безопасности России.
Профессор С. В. Дьяков воспитал целую плеяду кандидатов и докторов юридических наук, которые с гордостью называют себя его учениками и всегда вспоминают своего Учителя самыми теплыми душевными добрыми словами: