В начале 1980-х гг. в правоохранительных ВУЗах страны стало предаваться особое внимание к криминологии — науке о преступности как социальном явлении. Государственная преступность как весьма специфическая форма криминального поведения, личность государственного преступника, ее особенности причины и условия потребовали научного осмысления этого феномена. И Сергей Васильевич начал изучать эту тему на уровне докторского исследования. Результатом весьма обстоятельного теоретического осмысления этой проблемы стала защищенная в 1988 г. диссертация, в которой была показана система причин совершения измены Родине, шпионажа, террористических и диверсионных актов, а также целого ряда других государственных преступлений. Теоретическая и практическая значимость этой работы поистине удивительна. Разработанный почти сорок лет назад причинный комплекс совершения государственных преступлений, ныне именуемых преступлениями против основ конституционного строя и безопасности государства, остался актуальным и поныне. И это, несмотря на кардинальную трансформацию социально-экономической формации.
Работая над докторской диссертацией, Сергей Васильевич занимал должность начальника кафедры уголовного права на одном из факультетов Высшей школы, где было необходимо знание не только советского, но и зарубежного уголовного права. Для повышения качества обучения он, совместно с профессором, доктором юридических наук В.Н. Струнниковым, разработал методологию сравнительного уголовного права, которая в полной мере учитывала все особенности и специфику преподаваемого предмета.
Позже метод сравнительного анализа уголовного законодательства широко и продуктивно применялся членами Комиссии по безопасности Межпарламентской Ассамблеи СНГ в Санкт-Петербурге при разработке модельных законов для государств-участников Содружества Независимых Государств, куда Сергея Васильевича постоянно приглашали в качестве ведущего эксперта.
В 1987 г. Дьяков был назначен на должность заместителя начальника Высшей школы КГБ СССР по научной работе. Страна вступила в сложный и противоречивый период перестройки и ускорения научно-технического прогресса. 25 октября 1988 г. Коллегия Комитета государственной безопасности СССР специально рассмотрела вопрос о перестройке подготовки и повышения квалификации чекистских кадров. Основными направлениями оптимизации учебного процесса с учетом складывавшихся к тому времени социально-политических реалий стали усиление правового воспитания слушателей, обновление учебных фондов, правдивое освещение процессов, происходящих в обществе. Для выполнения поставленных задач совестно с подразделениями центрального аппарата Комитета под руководством Сергея Васильевича были разработаны новые квалификационные характеристики, учебные планы и программы практически по всем дисциплинам.
Особый акцент делался «на повышении общей политической и правовой культуры будущих сотрудников госбезопасности, овладение ими методологией профессиональной деятельности в условиях широкой демократизации и гласности, кардинальной экономической реформы, существенных изменений в сфере международных отношений, нового политического мышления». Кроме того, ему как руководителю, который нес персональную ответственность за выполнение решения Коллегии было необходимо сформулировать прогностический взгляд на содержание чекистского образования, который должен был соответствовать тенденциям и перспективам развития высшего образования и дать ответ на стратегический основополагающий вопрос: какого специалиста готовить? Широкого или узкого профиля, давать ему объемное общенаучное образование или отказаться от него, с тем чтобы больше внимания уделить конкретным условиям профессиональной деятельности? Применительно к подготовке кадров для органов безопасности это значит: готовить специалистов, способных успешно работать на любом участке, любой линии или только на конкретном направлении. Сколько было проведено совещаний профессорско-преподавательского состава на эту тему, которые становились настоящими «мозговыми штурмами» сегодня никто уже не скажет. Об этом времени Сергей Васильевич вспоминал: «По понедельникам в девять утра я собирал всех начальников кафедр и слушал их соображения по этому поводу. Потом принимали тактическое решение до следующего совещания». Ответ был найден, и он прост как все гениальное. Высшее образование, которое получают в Школе молодые сотрудники, с одной стороны, как научное образование должно давать широкую гуманитарную и техническую культуру, закладывать теоретический базис выбранной профессии, а с другой стороны, как образование профессионально должно формировать высококвалифицированных профессионалов, мастеров своего дела. Такой специалист способен быстро приспосабливаться к динамично развивающейся политической и оперативной обстановке и компетентно решать конкретные оперативно-служебные задачи.