Некоторая часть вернулась из госпиталей и приступила к усиленной подготовке. Желание служить и воевать в составе элитного подразделения было велико. На тренировке снова и снова отрабатывались навыки скрытного передвижения, ориентации на местности, маскировки, стрельбы из различных видов оружия, в том числе трофейного, отработка владения холодным оружием – штык–ножом, ножом, шомполом, просто тяжёлым подручным предметом. Проводились марш–броски, в ходе которых также выявлялись качества каждого курсанта.
При выполнении заданий «бранденбуржцы» часто действовали под видом гражданских лиц или в военной форме противника. Формально это противоречило нормам международного права, но Гитлер, как известно, освободил своих солдат от соблюдения всякого права и норм, в том числе и религиозных, по отношению к славянским народам и их армиям. Крупные подразделения и отряды передвигались под видом санитарных обозов и транспортных колонн, иногда беженцев. Переодетые в форму железнодорожников, почтальонов, шахтёров, под видом сторожей и беженцев, «бранденбуржцы» проникали всюду, иногда в глубокий тыл, в непосредственную близость к интересующим их объектам. Действовали дерзко, решительно, беспощадно.
В ночь с 21 на 22 июня 1941 года отряды «Бранденбург-800» скрытно проникли на советскую территорию. Ко времени вторжения Первый батальон передислоцировался в Ольштын, в непосредственную близость к границе с СССР. Активно накапливалось трофейное оружие и форма бойцов и командиров РККА. Надо заметить, что слова «рота», «батальон», так же как и «полк», в приложении к этому подразделению абсолютно условны. Рота могла насчитывать до батальона личного состава, а батальон, соответственно, до полка. Поэтому так легко к концу войны полк «Бранденбург-800» развернулся в дивизию СС под тем же наименованием. В те дни один из отрядов под командованием лейтенанта Каттивица углубился на советскую территорию на двадцать километров и захватил мост через реку Бобр. В полосе действия 123–й пехотной дивизии вермахта другая группа вырезала несколько пограничных застав, открыв путь своим войскам к беспрепятственному переходу границы.
Отдельные группы «бранденбуржцев», действовавшие также в тылу РККА, сумели ликвидировать несколько командиров и политработников РККА в районе Сувалок, Гродно, Рудавки, Августова, Голынки. Но главной целью диверсантов в период проведения войсками вермахта крупных наступательных операций оставались мосты.