Там, где охрана проявляла бдительность и не давала себя застать врасплох, диверсантов встречали огнём. В это время Первый батальон, действовавший в полосе наступления группы армий «Центр», нёс значительные потери. 25 июня одна из групп попыталась захватить мост в районе Молодченко, но была вовремя обнаружена и полностью уничтожена. Однако успешно был захвачен мост через реку Двину под Двинском и удерживался до подхода танков из группы армий «Север». Здесь действовали переодетые в форму советских солдат диверсанты 8–й роты. 29—30 июня Первый батальон «Бранденбурга» и батальон «Нахтигаль», сформированный из украинских националистов, захватили Львов и устроили резню евреев. В те же дни вышел приказ ОКВ, согласно которому 800–й учебный полк был усилен 17–й и 18–й ротами спецназначения.
Вместе с «бранденбуржцами» в той или иной операции зачастую действовали подразделения и уже названного батальона СС «Нахтигаль» («Соловей») и батальона СС «Роланд».
Летом 1941 года Первый батальон «Бранденбурга» провёл ряд успешных операций: уничтожил батарею зенитных прожекторов на мысе Пеклый и обеспечил переправу румыно–германских войск с Керченского полуострова на Таманский, на десантных планёрах десантировался на эстонский остров Эзель и уничтожил здесь заграждения и укрепления. В август е провёл серию диверсий на стратегически важных железных дорогах СССР.