На верхнем этаже виллы фресками покрыты лишь две комнаты. В той, где, как полагают, находилась спальня Агостино и Франчески, Содома в свободной и живой манере изобразил свадьбу Александра Македонского и Роксаны. Роксана была дочерью Дария, ненавистного врага молодого полководца. Вместо того чтобы осудить ее на смерть, великодушный Александр женился на девушке и сделал ее царицей. Глядя на эту фреску, нельзя не подумать в очередной раз о щедрости Агостино Киджи – влюбленного мужчины, превратившего несчастную девушку в благородную даму.
Эта трансформация изображена в соседнем зале – Зале перспектив. Его называют так потому, что Бальдассаре Перуцци написал здесь на стенах виды, которые могли бы открываться с открытых террас на город. Их пол похож на настоящий пол зала, и эти изображения дают нам понять, что мраморные плиты не изменились за прошедшие века – мы видим их ровно такими, какими они были пятьсот лет назад.
Но пейзаж изменился значительно. Мы видим на фресках башни, зеленые холмы, дома с вывешенным для сушки бельем и деревянными балконами. Это Рим XVI века, и Перуцци вставил в свой рассказ память о наводнениях: на его изображении Тибр заливает больницу Санто-Спирито-ин-Сассия.
На камине изображена кузница Вулкана, выковывающего стрелы для Купидона, а в люнеттах рассказаны эпизоды
Между нарисованными колоннами видны странные знаки, не задуманные художником. Среди них можно прочитать дату – 1528 – и надпись на немецком: «Почему бы мне не посмеяться: ландскнехты прогнали папу». Это не только акт вандализма, но и важное свидетельство. В 1527 году виллу Киджи заняли наемники Карла V, пригнанные сюда для того, чтобы подвергнуть город огню и грабежам и тем самым показать папе превосходство императора. Это знаменитое разграбление Рима. Здесь останавливались солдаты и оставляли следы своего присутствия. Посетитель видит надписи и карикатуры, как та, что напоминает облик Климента VII, который счастливым образом спасся при этом вторжении, бежав из города через коридор, приведший его в Кастель-Сант-Анджело.
На самом деле все интерпретации изображений, которые можно видеть на этой вилле, являются по большей части домыслами и слухами, поскольку о банкире нам рассказывают только несколько набросков и пара панегириков, строка за строкой нанизывающих бескрайние похвалы этому новому повелителю искусств.