Правда, за пределами средневекового христианского мира в мусульманских странах и на Востоке анатомия продолжала развиваться. В «Каноне врачебной науки» Ибн Сины, или Авиценны (ок. 980—1037 гг.), приведены интересные данные об анатомии и физиологии, в работах Ибн аль-Нафиза из Дамаска (XII в.) впервые был описан легочный круг кровообращения. Однако в Европе положения Галена владычествовали до XVI века, и только в эпоху Возрождения был заложен фундамент научной анатомии. Созданию ее человечество обязано Леонардо да Винчи, Везалию и Гарвею.
Великого Леонардо да Винчи (1452—1519 гг.) анатомия вначале заинтересовала как художника, потом он увлекся ею уже как ученый, активно вскрывал трупы людей, создал пластическую анатомию, открыл щитовидную железу. Считается, что творчество Леонардо да Винчи оказало влияние на Андреаса Везалия (1514—1564 гг.), которого называют революционером в анатомии. Широко пользуясь вскрытиями, он впервые систематически изучил строение тела человека. Везалий нашел больше 200 ошибок у Галена, обнаружил он и причины многих ошибок: оказалось, что главным объектом изучения анатомии человека у Галена было животное — обезьяна и собака. Знаменитый трактат Везалия «О строении человеческого тела» в семи книгах И. П. Павлов назвал «первой анатомией человека в новейшей истории человечества».
Церковь не простила ученому разгрома галеновской анатомии. Его вынудили сжечь часть своих трудов и совершить паломничество в Палестину. На обратном пути он попал в кораблекрушение и умер на острове Занте. Могила его не известна.
К XVII веку было покончено с догматической и схоластической анатомией средневековья. В 1628 году произошло эпохальное событие — вышла книга английского врача, анатома и физиолога Уильяма Гарвея (1578—1657 гг.) «Анатомическое исследование о движении сердца и крови у животных». Только теперь, через полторы тысячи лет после Галена, наконец точно установлено, что кровь постоянно циркулирует по всему организму. Точно устанавливается и роль сердца, которое издавна воспринималось, как главнейший орган, но без правильного осмысления, почему это так.
Следует вспомнить, что у Гарвея были предшественники. Двадцать шестого октября 1553 года на площади в Женеве по распоряжению Кальвина, главы одного из самых нетерпимых направлений протестантской религии, в пламени костра сгорел испанец Мигель Сервет (1509 или 1511—1553 гг.), врач, философ, естествоиспытатель. Он писал и о существовании малого круга кровообращения, и о его физиологическом назначении, не зная об открытии Ибн аль-Нафиза. В протестантской Женеве Сервет искал спасения от преследований католической церкви, грозившей ему костром. Кальвин ненавидел католическую церковь, но в преследовании передовой прогрессивной мысли мракобесы всех мастей всегда проявляют удивительное единодушие.
Гарвей все же не смог полностью замкнуть круги кровообращения, перехода артерий в вены он не описал, но предсказал его существование. Через четыре года после смерти Гарвея итальянский биолог и врач
Марчелло Мальпиги (1628—1694 гг.) открыл капилляры.
Но круг все еще замкнут не был: Мальпиги считал, что кровь из артериальных капилляров попадает в «промежуточное пространство» и только потом в венозные капилляры. Окончательно замкнул круг наш соотечественник А. М. Шумлянский (1748—1795 гг.), он доказал, что никаких «промежуточных пространств» нет, а между артериальными и венозными капиллярами существует прямая связь. После всех этих открытий анатомия как будто заняла достойное место среди прочих наук.
Авторы анатомических трактатов посвящают их императорам и наследным принцам. Петр I даже сам во время поездок в Голландию обучается анатомии у знаменитого нидерландского анатома Фредерика Рейса (1638—1731 гг.). (Препараты, изготовленные Рейсом, сохранились до наших дней в ленинградской Кунсткамере.) Вернувшись в Москву, он часто посещает вскрытия в «военной гошпитале» и, как вспоминают современники, сам «умел анатомить тело и делал то с великой охотой» (цит. Р. Д. Штерн, 1949 г.). Но старые помехи еще не устранены. Занятия анатомией в некоторых странах по-прежнему затруднены настолько, что врачи добывают трупы для исследования тайком. Спрос рождает предложение, и в первой трети XIX века расцветает тайное ремесло гробокопателей, вскрывающих свежие могилы. Такую сцену запечатлел Марк Твен в «Томе Сойере»: Том и Гек ночью на кладбище видят, как гибнет молодой врач, прибегнувший к услугам преступных поставщиков. Невежественные гонения на науку нередко оборачиваются опасностью для общества, их поддерживающего. В 1829 году в Англии был повешен некий Берк, который со своим сообщником предпочел не пачкать руки могильной землей и добывал трупы для продажи, подстерегая случайных прохожих в темных переулках...