До сформирования в 1940 году управления специальных операций инициатива в планировании «иррегулярных» акций принадлежала начальникам разведывательных управлений ВМС и армии, а также службе специальной разведки, которая и несла ответственность за осуществление таких акций. Однако получить официальное разрешение высших руководителей на проведение специальных операций было делом далеко не легким. Как рассказывает об этом Сомерсет Моэм, старшие офицеры «с удовольствием желали пользоваться выгодными результатами «иррегулярных» акций, однако ответственность за их осуществление всячески стремились переложить на кого-нибудь другого». Не удивительно поэтому, что под влиянием традиций разведывательного управления ВМС Годфри при участии своего помощника Флеминга взял на себя инициативу разработки и проведения многих агентурно-диверсионных операций с целью, например, лишить Германию поставляемой ей Швецией железной руды, или блокировать реку Дунай, или вывести из строя нефтеобрабатывающие предприятия в Румынии. В некоторых случаях при этом приходилось иметь дело с агентами-двойниками. Часть этих операций имела к флоту лишь косвенное отношение, но это было время, предшествовавшее изданию Черчиллем директивы «поджечь Европу». Годфри вспоминает, что Черчилль прибегал к агентурно-диверсионным операциям лишь в крайних случаях. Его осторожность в этом отношении, возможно, объясняется либо возражениями министерства иностранных дел, либо недостатком финансовых средств, либо одновременно и тем и другим.
Сотрудники комнаты 39 никоим образом не были разочарованы, когда все силы и средства агентурно-диверсионной деятельности были переданы вновь созданному управлению специальных операций.
Нежелание высших руководителей в главном морском штабе брать на себя ответственность за такие дела (ни одной операции нельзя было провести без разрешения начальника штаба или его заместителя) приводило к досадному пресечению большинства попыток в этом направлении. Правда, оставаясь в основном открытым органом разведки, 17-й отдел имел много и тайных связей, однако Годфри заботился главным образом об обеспечении флота практически необходимыми для его действий разведывательными данными. Коммодор Рашбрук, когда он принял управление в январе 1943 года, придерживался такого же взгляда и поэтому внес в работу разведки лишь незначительные перемены. Тем не менее, Годфри проявлял большой интерес к таким, например, замыслам, как план Сефтона Дельмера, разработавшего крупную «серую радиооперацию» по разложению вооруженных сил противника с помощью музыки и различных увеселительных передач. Этот план впервые обсуждался в комнате 39 и получил поддержку адмиралтейства, когда против него ополчились некоторые критики из Уайтхолла и из Би-Би-Си. Аналогичную поддержку в спорах против упорно возражавших ВВС в комнате 39 получили и планы австралийца Сиднея Коттона, предложившего осуществлять разведывательное фотографирование немецкого флота с самолетов, вылетавших на свободную охоту.
Чтобы описать роль начальника управления, который пользовался самым большим авторитетом и симпатиями подчиненного персонала, историку лучше всего обратиться к рассказу о работе в управлении его личного помощника. Ян Флеминг писал в 1948 году: