После вытеснения славян в 1307 году два поселения — Кёльн и Берлин — вступили в союз и в 1432 году они объединились. Благодаря рыбной ловле, охоте и речным сообщениям город процветал и по примеру других немецких городов, расположенных на берегу Балтийского моря, стал вольным городом и членом Ганзейского союза. Однако вольным городом он пробыл недолго. Во второй половине XV века представители древнейшего германского рода князей, графов, выходцы из Франконии, Швабии и Баварии — Гогенцоллерны, правители соседнего небольшого княжества Бранденбург, установили над городом свою власть. И отныне его судьба была связана с судьбой правящего дома Гогенцоллернов, о славянах уже давно никто больше не вспоминал. Население города, в основном, немецкое, спокойно приняло Реформацию, то есть отделение от власти римско-католической веры, провозглашенную Гогенцоллернами в 1539 году. Однако желание властей подчиниться жесткому и холодному учению Кальвина в 1613 году вызвало недовольство населения, и Берлин вступил в период смут. В последующие десятилетия эпидемия чумы и Тридцатилетняя война (1618–1648) сократили население города на треть. При курфюрсте Фридрихе Вильгельме (1640–1688) судьба Берлина изменилась в лучшую сторону. Великий курфюрст укрепил город и начал строительство аристократического квартала на западе вдоль улицы Унтер-ден-Линден («Под липами»). В 1701 году Пруссия и другие близлежащие территории Гогенцоллернов объединились в Прусское королевство со столицей в Берлине. Царствование первого короля Пруссии, Фридриха I (курфюрст Фридрих III в 1688–1701 гг., король в 1701–1713 гг.), было отмечено основанием Академии наук. Ее первым президентом стал великий философ и математик Готфрид Вильгельм фон Лейбниц. Кстати, именно Лейбниц собирал народный фольклор, он обратил внимание на лужицкий язык и культуру, подготовил свое исследование, в котором зафиксировал наречия лужицкого языка.
В этот же период времени в Берлине работал архитектор Андреас Шлютер, выстроивший королевский дворец и другие здания и памятники в Берлине в стиле барокко. При Фридрихе Вильгельме I (правил в 1713–1740 гг.) и Фридрихе II Великом (правил в 1740–1786 гг.) город продолжал расширяться в западном направлении. В интеллектуальную жизнь Берлина большой вклад внесли драматург Готхольд Эфраим Лессинг и философ Мозес Мендельсон. Прибытие значительного числа религиозных беженцев из Чехии способствовало превращению города в важный экономический центр. При Фридрихе Вильгельме II (правил в 1797–1840 гг.) Берлин и Пруссия вступили в трудный период. Наполеон быстро овладел Европой, и в 1806 году, после битвы при Йене, французские войска оккупировали Берлин, вынудив прусского короля временно перебраться в Кёнигсберг. После освобождения от французов Берлин вступил в новый период культурного и экономического роста. В 1810 году философ и государственный деятель Вильгельм фон Гумбольдт основал университет им. Фридриха Вильгельма (позже переименованный в университет им. Гумбольдта), который вскоре превратился в крупнейший центр образования в Германии, привлекая ученых международного ранга, среди которых были географ Александр фон Гумбольдт и философ Г.В.Ф. Гегель. В 1823–1829 годах архитектор К.Ф. Шинкель, выполняя пожелания короля превратить Берлин в столицу, достойную ведущей европейской державы, построил Старый музей и другие выдающиеся здания.
В 1838 году первая железная дорога Пруссии соединила Берлин и близлежащий Потсдам. Берлин стал узлом в сети железных дорог, которая в значительной степени стимулировала промышленное развитие города во второй половине XIX века. В 1871 году после победы Пруссии во франко-прусской войне, Берлин сделался наконец столицей вновь созданной Германской империи. В период с 1871 по 1900 годы население Берлина удвоилось, достигнув 1,9 млн человек, а включая пригороды — 2,7 млн человек. В 1920 году Большой Берлин объединил столицу и пригород. Теперь город занимал площадь в 878 кв. км; он был разделен на 20 административных районов и имел население 3,8 млн человек. Собственно, если посмотреть на карту Берлина, то можно заметить, что город располагается по обеим сторонам небольшой реки Шпрее, впадающей в другую реку, Хафель.