Еще одним затруднительным обстоятельством для положения церкви стало возрождение римского гражданского права, которое увлеченно изучалось во всех европейских научных центрах. То, что есть судопроизводство, а не запутанные канонические законы и жестокое феодальное право, доводилось до сведения всех интересующихся этим вопросом. Контроль разума стал довлеющим началом в силу распространения просвещения и интеллектуального прогресса.
Все это не могло не привести к бурному развитию еретических учений, которые стали рычагом, сдвинувшим камень инквизиции. Нужно отметить, что ереси (от греч. hairesis — «особое вероучение»), поколебавшие церковные догматы в XII веке, выдвигались не учеными богословами, как раньше, а сначала распространялись среди массы простого народа. Характерно, что господствующие классы практически не принимали участия в зарождении инакомыслия. Это свидетельствует о новой эпохе, которая пришла на смену схоластическому мышлению. Удар, направленный на католическую церковь и ее нравы, наносился чаще всего людьми, проповедовавшими среди оскорбленных и униженных, понимающих, что в святое учение вкралось слишком много заблуждений.
Причиной расцвета ересей стало нравственное падение духовенства, поэтому нет ничего удивительного в том, что основным направлением, в котором развивались еретические учения XII века, явилась ветвь сектантов, сохранявшая основные положения христианства, но отвергавшая священство как таковое. Конечно, нельзя забывать и о манихеях, чье дуалистическое учение о равноправии в мире Света и Тьмы, Добра и Зла очень сильно влияло на ересь катаров.
Ереси, отвергавшие священство, опирались на основополагающий принцип учения Доната (основатель учения, направленного против официальной христианской церкви и римского господства) о том, что от прикосновения порочных рук все таинства тут же оскверняются. Отсюда следовало: священники, погрязшие в пороке, живущие в грехе, не могут совершать никаких таинств. На это даже опирался Папский престол в борьбе, развернутой против женатого духовенства в XI веке.
Самыми значительными еретическими учениями в Средние века стали вальденсианство (от имени основателя — Пьера Вальдо), катарианство (от греч. katharos — «чистый»). Вероучение последних легло в основу учения альбигойцев.
Проследим сначала предпосылки возникновения ереси Вальдо. Все началось с появления в 1108 году проповедника Танхельма с острова Зеланд, отрицающего всю церковную иерархию, от Папы Римского, до самого последнего священника. Танхельм также отрицал таинство евхаристии, оскверненной прикосновением нечистых рук, и призывал народ к неплатежу десятины, налога, предназначенного для церкви. Простой народ почитал его как святого, проповедям зеландского монаха-вероотступника внимали с радостью и благоговением. Танхельм, собрав небольшое войско, захватил власть в Антверпене, где ни герцог, ни епископ не смогли ему помешать, напуганные сильными народными волнениями. Он проповедовал здесь до 1115 года, даже тогда, когда его верные ученики и последователи были схвачены и казнены, пока один сумасшедший монах, исступленный в своей приверженности Римско-католической церкви, не убил его.
В Бретани на суд общественного мнения, чуть позже Танхельма, с проповедью аналогичной ереси выступил слегка повредившийся в уме на почве религиозно-мистических исканий Эон де Этуаль. Он и его последователи отбирали у церквей богатства и раздавали все нищим и беднякам. Размах «эонийцев» был настолько широк, что против них были высланы войска. Ученики Этуаля были публично сожжены живыми на костре, а их предводителя отправили в тихое аббатство как умалишенного, где он и закончил свои дни.
На юге Франции, особенно в Лангедоке, где вольнодумство получило особенно полное свое воплощение в силу и географического, и экономического, и социального положения, первым с порицанием священства и полным отречением от таинств выступил Петр Брюйсенский из Эмбрена, который и преследуемый церковью успешно проповедовал в течение двадцати лет. В конце концов его постигла участь всех еретиков: Петра сожгли живым на костре.
На смену ему явился Генрих, монах из Лозанны. Он проповедовал аскетизм и любовь к ближнему, отрицал почитание святых и так поносил пороки церкви, что институт церкви в Мансе, где учил Генрих, исчез бы, если бы не вмешалось дворянство и не добилось изгнания монаха. Однако Генрих не отрекся от своего учения и с невероятным успехом странствовал с проповедями по югу Франции.