Он получает место в школе, где еще учатся его однокашники, преподает им историю. При этом он работает над историей Египта (на основе греческих, римских и библейских источников) и коптским словарем («он день ото дня толстеет, — записывает Шампольон, дойдя до тысячной страницы, — а его создатель — наоборот»). Так как на жалованье ему не просуществовать, то он пишет еще пьесы для местных любителей. И как убежденный республиканец 1789 года сочиняет сатирические куплеты, высмеивающие монархию, они направлены против Наполеона, но после битвы при Ватерлоо их распевают, имея в виду Бурбонов. Когда же Наполеон на 100 дней возвратился с Елены, Шампольон поверил его обещаниям либерального правления без войн. Его даже представляют Бонапарту — брат Жана Франсуа ревностный сторонник старо-нового императора, — и тот в походе, цель которого — снова завоевать трон, находит время поговорить с ним о своих планах касательно Египта. Этой беседы, а также «антибурбонских» куплетов достаточно, чтобы завистливые коллеги из Академии отдали Шампольона под суд, который в пору, когда «приговоры сыпались как манна небесная», объявляет его изменником и обрекает на изгнание…
Шампольон возвращается в родной Фижак и находит в себе силы приготовиться к решительному наступлению на тайну иероглифов. В первую очередь он проштудировал все, что за последние две тысячи лет было написано об иероглифах в самом Египте. Оснащенный таким образом, но не скованный в своих действиях, он приступил к собственно изучению египетского письма и в отличие от других ученых начал с демотического, то есть народного, письма, которое он считал самым простым и одновременно наиболее древним, полагая, что сложное развивается из простого. Но тут он ошибался; применительно к египетскому письму дело обстояло как раз наоборот. Долгие месяцы продвигался он в строго намеченном направлении. Когда убеждался, что попал в тупик, начинал все сызнова. «Эта возможность испробована, исчерпана и отвергнута. Больше к ней незачем возвращаться. А это тоже имеет свое значение».
Так Шампольон «испробовал, исчерпал и отверг» и Гораполлона, а заодно и ложные взгляды всего ученого мира. Из Плутарха узнал, что в демотическом письме насчитывается 25 знаков, и начал их искать. Но еще до этого он пришел к выводу, что они должны отображать звуки (то есть что египетское письмо не является рисуночным) и что это относится также к иероглифам. «Если б они были неспособны выражать звуки, на Розеттской плите не могло бы быть имен царей». И те из царских имен, «которые, судя по всему, должны были звучать так же, как в греческом», он принял за отправную точку.
Тем временем, действуя подобным же образом, то есть сопоставляя греческие и египетские имена царей, пришли к некоторым результатам и другие ученые: швед Окерблад, датчанин Цоега и француз де Саси. Дальше других продвинулся англичанин Томас Юнг — он установил значение пяти знаков! Кроме того, он открыл два особых знака, которые не являются письменами, но обозначают начало и конец имен собственных, ответив тем самым на вопрос, который поставил в тупик де Саси: почему в демотических текстах имена начинаются с одних и тех же «письмен»? Юнг подтвердил уже ранее высказывавшееся предположение, что в египетском письме, за исключением имен собственных, гласные опускаются. Однако ни один из этих ученых не был уверен в результатах своей работы, а Юнг в 1819 году даже отказался от своих положений.
На первом этапе Шампольон расшифровал некоторые знаки Розеттской плиты путем сравнения с текстом какого-то папируса. Этот первый шаг он сделал в августе 1808 года. Но лишь 14 лет спустя он смог представить ученому миру неопровержимые доказательства, они содержатся в «Письме господину Дасье относительно алфавита фонетических иероглифов», написанном в сентябре 1822 года, а позднее были приведены в лекции, прочитанной в парижской Академии. Ее содержание составляет объяснение метода расшифровки.