В монастыре начинались большие каменные постройки. Перестраивался Успенский собор монастыря. На подсобных работах здесь использовались вотчинные симоновские крестьяне со своими лошадьми, в связи с чем на срок с 1543 по 1549 год они были освобождены от всех пошлин на царя. Возводится громадная трапезная палата с церковью и службами (ныне не существующая).
Вклады в монастырь текли рекой, не говоря о том, что монастырские постриженники должны были приносить с собой в обитель облачения, сукна, приводить коней, сбрую. Делались многочисленные приношения по пятидесяти рублей на вечный помин. Борис Годунов при обмене пустошей дал вкладу 600 рублей. В 1593 году у входных ворот была построена каменная церковь Происхождения честных древ Креста – в память отражения нашествия полчищ Казы-Гирея.
Немалое значение имело и то, что именно Симонов монастырь был взят Грозным «в опричнину». Для царя было важно, что около монастыря, у восточной его стены, ногайскими татарами велась торговля лошадьми. Пригонялось до шестнадцати тысяч голов при пяти тысячах торговцах и пятидесяти ответственных послах. Гарнизон монастыря постоянно «доглядывал» за этим скоплением чужеземцев.
Большой ущерб нанес Симонову монастырю период Смутного времени. В 1610 году его осаждали казаки во главе с Иваном Болотниковым, от которых монастырский гарнизон отбивался при помощи монахов. Из грамоты князя Пожарского от 1613 года следует, что находилась обитель в состоянии крайнего разорения, которое коснулось всего монастырского хозяйства. Монастырь перестал получать обычные свои доходы. На его землях вперемежку хозяйничали поляки, литовцы, не отказывали себе в незаконных поборах и местные власти.
Грамотой от 22 февраля 1613 года от лица Пожарского и «по боярскому приговору и по совету всей земли» запрещается брать с Галицкой Симонова монастыря вотчины «казачьи кормы и подати», потому что «с Симоновских вотчин возят запасы в монастырь на монастырских всяких осадных людей», иначе говоря – на постоянный гарнизон, состоявший из двухсот человек.
Грамотами 1613, 1622 и 1623 годов все прежние земельные владения закрепляются за обителью. В 1621-м сюда поступает новый значительный вклад в Ярославском уезде от князей Мстиславских: «два погоста, сельцо Ивановское, 94 деревни, 13 пустошей и 6 починков с лугами, лесами и всякими угодьями». Мстиславские же строят рядом с главным Успенским собором монастыря церковь Одигитрии – Толгской Божьей Матери.
В 1643 году родственниками царя Михаила Федоровича по матери – Сулешевыми, потомками татарских мурз, вносится богатейший вклад земельными владениями, строится рядом с собором церковь Знамения, делаются поражавшие современников богатством – стоимостью до двух тысяч рублей – царские врата в Успенский собор. Но едва ли не главное – монастырь получает от Сулешевых материал и одну тысячу рублей на постройку новой ограды, существующей в фрагментах и поныне, – могучей стены военного назначения с пятью громадными башнями. Общая сумма пожертвований приближалась к восьми тысячам золотых рублей.
Пользуясь постоянно прибывавшими вкладами и собственными доходами, монастырь приступает к строительству каменных зданий на своей территории. Наряду со стенами возводятся три больших здания монашеских келий. Рядом с древней трапезной 1485 года появляется каменный корпус для мастерских монастыря: иконописной, швейной, сапожной, столярной и других. Сразу после вступления на престол царя Федора Алексеевича возводится каменная церковь Знамения на Луговых восточных воротах вместо разобранных старых храмов Одигитрии и Знамения.
В 1680 году была подряжена артель каменщиков из семидесяти человек из оброчных крестьян разных помещиков за 1100 рублей для постройки громадной трапезной с церковью вместо той, что существовала с XVI века с западной стороны собора. В 1683-м та же артель надстраивает Конюшенный корпус. В следующем году появляется каменная больница рядом с Ксенофонтовской церковью, рассчитанная на двенадцать постелей для старцев.
Вступление на престол Петра I положило конец процветанию Симонова монастыря, как, впрочем, и почти всех обителей в России. Введенное Петром Синодальное Экономическое правление отбирало на свои нужды большую часть монастырских доходов. Земельные владения Симонова монастыря в то время достигали 6000 десятин средней и «худой» земли, около 2000 десятин пашенного – обращенного под пашню – и непашенного леса. Крестьян насчитывалось более 12 000 душ.