В конце сентября британская разведка передала нашей стороне сведения о концентрации немецкого флота во главе с линкором «Тирпиц» в устье Финского залива. Вывод наших штабов был однозначен — враг готовит прорыв главных сил флота к Кронштадту и Ленинграду. Спешно был сформирован так называемый передовой отряд КБФ, куда включили и «Л-3». По замыслу она должна была находиться в бухте острова Гогланд до момента получения сигнала «Альбатрос», означавшего, что корабли противника начали прорыв. Затем субмарине предстояло выйти им навстречу и атаковать не только торпедами, но и минами, которые ставились бы непосредственно по курсу. В ранние часы 1 октября подлодка перешла в бухту острова.
Скопление тут советских кораблей не осталось незамеченным финской авиаразведкой. Вечером в море вышли торпедные катера «Сису» и «Нуоли», имевшие задачу нанести внезапный торпедный удар по кораблям на стоянке. Этот замысел блестяще удался, но финнов подвело торпедное оружие. Под покровом темноты, при видимости, не превышавшей 2–2,5 кб, «Сису» последовательно выпустил обе своих торпеды по «тральщику», которым оказалась «Л-3». Одна из рыбин прошла мимо и взорвалась на берегу, но вторая, шедшая точно в борт, внезапно сделала «мешок» и взорвалась при ударе о каменистое дно на расстоянии 15 м от борта субмарины. С лодки катер заметили перед самой атакой, но из-за неудовлетворительной организации выходов и возвращений своих катеров начали запрашивать опознавательный сигнал. Артиллерийский огонь (выпущено 12 100-мм и 20 45-м снарядов) был открыт уже в момент отхода противника и результатов не имел. От близкого взрыва появились течи в топливно-балластных цистернах № 3, № 4 и № 7, вышла из строя часть приборов и механизмов в 6-м отсеке. После этого эпизода «Фрунзевцу» пришлось проводить на грунте не только дневное, но и ночное время, лишь раз в сутки всплывая для вентиляции отсеков. Так продолжалось до вечера 15 октября, когда «Л-3» вошла в бухту острова, чтобы зарядить батарею. Разыгравшийся свежий ветер начал бить ее кормовой частью в районе ЦГБ № 9 о корму «Щ-310». Поскольку Грищенко в этой ситуации никаких мер не принял, действовать пришлось командиру «щуки» капитан-лейтенанту Д.К. Ярошевичу. Он попытался, подтягиваясь на швартовых, подойти ближе к берегу, а затем отдал кормовые концы и развернулся параллельно «Л-3». Увы, это не спасло ситуацию: минный заградитель навалило на южную оконечность мола, а в довершение ко всему на нее сдрейфовал находившийся в аварийном положении тральщик «Шпиль», которого шторм сорвал с якоря. Его ударом помяло обшивку ЦГБ № 8, и теперь, когда половина цистерн главного балласта потеряла свою герметичность, командиру не оставалось ничего другого, как вернуться в Кронштадт на ремонт. Хотя Грищенко пытался переложить вину за аварию на командира «Щ-310», который якобы слишком слабо закрепил свой корабль, расследование пришло к противоположным выводам, указав, что «Фрунзевцу» следовало сразу после начала шторма выйти в море и либо дрейфовать за пределами гавани, либо лечь на грунт. За вывод подлодки из строя на 15 суток приказом № 049 нового комбрига Трипольского командиру «Л-3» был объявлен строгий выговор с предупреждением, что в следующий раз за подобное отношение он будет предан суду военного трибунала. Тем не менее 27 ноября, через 9 дней после выхода вышеуказанного документа приказом командующего КБФ Грищенко был награжден орденом Красной Звезды. На том кампания 1941 года и закончилась.