Поскольку еще в конце осени корабль успел пройти доковый ремонт, зимний судоремонт 1941/42 года не отнял у экипажа слишком много сил. За окончание его на месяц раньше срока командир подлодки получил второй орден Красной Звезды, а инженер-механик М.А. Крастелев — орден Красного Знамени. До вскрытия Невы ото льда лодка стояла у борта плавбазы «Иртыш» у набережной Летнего сада, а со вскрытием перешла на временную стоянку за Финляндским мостом, где отрабатывались погружения. Гораздо большую проблему, нежели техника, создавал личный конфликт между Грищенко и военкомом подлодки батальонным комиссаром А.И. Бакановым. Последний, проанализировав походы подлодки в 1941 году, пришел к выводу, что командир корабля на самом деле трус, но скрывает свою трусость за очковтирательскими докладами. Кроме того, он узнал о присвоении командиром 4 тысяч рублей из корабельной кассы. Жаловаться он не стал, но после безрезультатных бесед всякое общение с Грищенко прекратил, а в нескольких случаях пользовался своим правом отмены командирских решений, в частности в вопросах расстановки кадров на корабле и увольнения личного состава на берег. Этого командир подлодки, ставший к тому времени капитаном 2-го ранга, стерпеть не смог и пошел жаловаться в политотдел. Он обвинил Баканова в пьянстве, развале партийно-политической работы и желании списаться с подлодки на берег. Комиссар привел свои контраргументы, которые отчасти подтвердились и только запутали дело. В конечном итоге командование приняло «соломоново» решение: Грищенко остался командиром «Л-3», его дело замяли, а Баканова перевели служить на «Щ-310». Вместо него на должность военкома 15 июня был назначен инструктор политотдела старший политрук М.Ф. Долматов.