Знаменитый спор Ивана Грозного и бывшего сподвижника царя, а затем беглеца в Литву князя Андрея Михайловича Курбского шел не о централизации России, а о путях развития этого процесса. Царь писал, что имеет наследственное право действовать по своему произволу – «А жаловать есмя своих холопей вольны, а и казнить вольны же», – писал Иван Грозный. Курбский же был сторонником прежних традиций, свойственных политике московских князей XIV в. – уважения к боярству, деятельного и совещательного участия бояр в управлении, которые противопоставлял безжалостному и беспричинному террору Грозного.
В то же время нельзя говорить о боярстве как о безынициативной и слабой социальной группе, интересы которой ограничивались несением государевой службы и ожиданием пожалований. Активная роль бояр в управлении Московским княжеством, пик которой приходится на период малолетства Дмитрия Донского, выработала у боярства определенные представления о своей роли в политической иерархии государства. Политическое самосознание «сильных в Израили» (выражение Курбского) тесно связано с идеями государевой службы, значение которой было обусловлено представлениями о священном характере власти монарха. Давнее сотрудничество бояр с государями выработало ряд традиций, через которые не могла переступить даже воля монарха. Одна из них – местничество. Сложнее обстояло дело с другими правами московского боярства, уходившими корнями в начальные этапы его формирования. Так, традиционное для XIV в. право «отъезда» бояр и слуг, т. е. перемены ими государя, стало рассматриваться Иваном III во второй половине XV в. как измена. Уходила в прошлое и практика смелого, открытого диалога между боярами и государем.
Итогом ломки прежних отношений между государем и боярством стала ситуация, обрисованная австрийским послом ко двору Василия III бароном Сигизмундом Герберштейном: «Все они называют себя холопами, т. е. рабами своего государя». И все же отношения между государем и боярством, несмотря на укрепление абсолютистских тенденций при Иване III, Василии III и особенно Иване IV, продолжали сдерживаться традицией, посягнуть на грубое нарушение не могли и государи. Традиция предполагала в том числе и защиту бояр от необоснованных опал и казней. Этим объясняется та усиленная деятельность Ивана Грозного по созданию видимости «справедливого суда» над изменниками, который сопутствовал опричным опалам и казням.
Опричнина Ивана Грозного нанесла жестокий удар по боярству, пожалуй, наибольший, нежели по другим социальным слоям Российского государства. По подозрению в измене уничтожались выдающиеся деятели, чьи успехи и достижения вызывали ревность и гнев царя. Итогом ее стала политическая деградация боярства. В Смутное время, получив в свои руки государственную власть, боярское правительство (Семибоярщина) не сумело справиться с этой ношей и поспешило сдаться перед польской интервенцией.
После опричнины Ивана Грозного и событий Смутного времени большинство «сильных» родов попросту вымерли. Их места занимали представители провинциального дворянства, родичи царских жен и видные выдвиженцы, лишь волею государя вознесенные из «худородства» в состав Боярской думы. Таким образом, генеалогический состав боярства постепенно изменялся в сторону преобладания «худородных» по меркам XVI в. фамилий. Одновременно с этим, укрепление российского абсолютизма при царе Алексее Михайловиче все более и более превращало Боярскую думу в рабочий аппарат управления, лишая ее какой бы то ни было самостоятельности. Однако по-прежнему боярство вплоть до петровской ломки государственного уклада Российского государства являлось ведущей политической силой, без которой царь не мог вести гражданское управление или военные действия.