Великая Отечественная война застала Константина Михайловича Кукина в Москве. Он занимал должность заместителя начальника 1-го отдела внешней разведки (США и Канада). Однако и в Центре разведчика поджидала очередная неприятность. Не успел Кукин освоиться со своими новыми обязанностями, как из Лондона на него поступил донос от некоего «русского эмигранта». Эмигрант обвинял Кукина в принадлежности к контрреволюционной организации, якобы созданной при акционерном обществе «Аркос». Помимо самого К. Кукина, в письме упоминались фимилии еще 14 человек. Проверкой было установлено, что все эти лица были давно арестованы и осуждены, а четверо из них даже расстреляны. Причастность Константина Михайловича к деятельности этих лиц следствием не была установлена, а его имя не упоминалось на допросах.
Павел Михайлович Фитин ломал голову над тем, как вывести Кукина из-под удара, который мог последовать в любой момент. И тут, как говорится, разведчику повезло. 16 июля 1941 года на имя начальника разведки из Лондона пришла шифровка, в которой резидент Анатолий Горский просил командировать к нему дополнительно четырех оперработников для пополнения кадров резидентуры. В телеграмме отмечалось, что на связи у каждого сотрудника лондонской резидентуры находится по 12 и более агентов, что превышает все предельные нагрузки и отражается на качестве работы.
Доложив шифровку наркому государственной безопасности СССР В. Н. Меркулову, П. М. Фитин предложил направить в Лондон среди прочих работников и К. М. Кукина. Получив согласие, он в тот же день подготовил на имя Меркулова следующий рапорт за своей подписью:
Однако на прием к Меркулову Фитину удалось попасть только в начале следующей недели. А 20 июля 1941 года было объявлено, что НКВД и НКГБ объединяются в Народный комиссариат внутренних дел СССР под общим руководством Л. Берии. В. Меркулов стал заместителем наркома внутренних дел. Берия, которому был доложен рапорт, отложил решение по нему до тех пор, пока не закончится проверка участия Кукина в деятельности «троцкистской организации».
Тогда П. М. Фитин срочно откомандировал К. М. Кукина в особую группу сотрудников НКВД, выполнявших задание Командования в прифронтовых и фронтовых районах по выявлению немецких шпионов и диверсантов. В удостоверении N 2254/б/УД-7 от 23 июля 1941 года, подписанном заместителем наркома внутренних дел В. Н. Меркуловым, предлагалось всем военным властям, командирам войсковых частей, партийным и советским организациям оказывать К. М. Кукину и его группе всемерное содействие в выполнении порученного ему задания.
К. М. Кукин успешно справился с поставленным перед ним задачами. Вскоре все выдвинутые против него обвинения отпали, и он продолжил работать в центральном аппарате внешней разведки. В июле 1942 года К. М. Кукин сопровождал наркома иностранных дел СССР В. М. Молотова во время его визита в США.
К рапорту на имя Всеволода Меркулова Павел Фитин возвратился только в апреле 1943 года, когда был вновь образован наркомат государственной безопасности. Исправив в рапорте дату, начальник разведки доложил его Всеволоду Меркулову. Ознакомившись с документом, нарком неожиданно преложил Фитину:
— А если мы его назначим резидентом? Он же пострадал ни за что ни про что. Да и опыт руководящей работы у него имеется.