Первые масонские ложи в России возникли при Петре I. «В одной рукописи Публичной библиотеки, – сообщает историк Вернадский, – рассказывается, что Петр принят в Шотландскую степень св. Андрея. Его письменное доказательство существовало в прошлом веке в той ложе, где он принят, и многие оное читали». А среди рукописей масона Ленского есть обрывок серой бумаги, на которой значится следующее: «Император Петр I и Лефорт были в Голландии приняты в тамплиеры». «Петр I, – пишет исследователь, В. Иванов, – стал жертвой и орудием страшной разрушительной силы, потому что не знал истинной сущности братства вольных каменщиков. Он встретился с масонством, когда оно еще только начало проявлять себя в общественном движении и не обнаруживало своего подлинного лица».
Первое достоверное известие о появлении первой масонской организации в России относится к 1731 году, когда гроссмейстер Великой ложи Лондона лорд Ловель назначил капитана Джона Филипса провинциальным великим мастером для России]. Широкое распространение масонства в России началось с основания нескольких масонских лож генералом русской службы Джеймсом Кейтом в 1740-х годах. В документах Великой ложи Англии указывается, что в 1741 году он был назначен провинциальным великим мастером для России. Первоначально большинство членов русских лож были иностранцами – офицерами на русской службе и купцами, но вскоре стало расти и число масонов русских по рождению. В 1750-х годах в Санкт-Петербурге работала ложа под руководством графа Р.И. Воронцова.
Впервые правительство Российской империи обратило внимание на франкмасонов в 1747 году. Есть известие о существовании в Санкт-Петербурге ложи «Молчаливость», в Риге – «Северная звезда» в 1750 году. В 1756 году существовала петербургская ложа, где мастером ложи состоял граф Р.И. Воронцов, а членами – преимущественно молодые гвардейские офицеры, многие с значимыми впоследствии для истории именами: князь Щербатов, Болтин, Сумароков и другие. Тогда уже франкмасоны были под надзором правительства и «внушали панический страх» обществу. Вместе с тем, по преданию, император Пётр III учредил масонскую ложу в Ораниенбауме и подарил дом Санкт-Петербургской ложе «Постоянство». В 1762 году существовала в Санкт-Петербурге ложа «Счастливого согласия», признанная в 1763 году берлинской Великой национальной материнской ложей «Три глобуса». Во время розыска по делу Мировича у его сообщника, поручика Великолуцкого полка Аполлона Ушакова, нашли отрывок масонского катехизиса (первая русская рукопись франкмасонов). В 1766 году существовала в Архангельске ложа «Святой Екатерины». В 1770 году открыта в Санкт-Петербурге великая провинциальная ложа. С этого года появляются систематические записи по истории масонства.
В первое десятилетие царствования Екатерины масоны в России больше увлекались обрядовой стороной, почти не предпринимая каких-либо решительных попыток расширить свое влияние на общественную мысль. Только к концу царствования Екатерины здесь сложились две масонские системы: так называемые елагинская и циннендорфская (шведско-берлинская). Одна система была основана немцем из Берлина, посланным в Петербург от имени короля Фридриха. Другая система названа по имени Елагина, который, по его же словам, встретился где-то в пути с одним путешественником-англичанином, и тот открыл ему, «что масонство есть наука».
В 1776 году обе системы объединились, однако в масонских ложах в ту пору преобладали исключительно иностранцы, жившие в России, тогда как для самих русских масонство оставалось некой игрой «непонятных иноземцев».
Первым русским Великим мастером стал Иван Елагин, который организовывал культурные вечера при дворе Екатерины II. В 1770 году он создал первую Великую ложу России, в которую затем вошло 17 других масонских лож. По суждению Елагина, франкмасонство в России до 1770 года не носило серьёзного характера: «обращали внимание на обрядовую сторону, слегка благотворили, занимались пустыми спорами, оканчивавшимися иногда празднествами Вакха». Елагин же развил активную деятельность как в распространении франкмасонства, так и в его благоустройстве. Вследствие этого система, господствовавшая в ложах от него зависимых, называется «Елагинской». Сначала она была скопирована с английской, а потом к ней примешались влияния других систем, примешалось даже влияние розенкрейцерства, против которого выступал и сам Елагин.
Елагин купил себе целый остров на Неве (до покупки он назывался Медвежьим, а после – Елагинским). Там он построил роскошный дворец, в котором петербургские масоны стали проводить свои встречи.