Удары, нанесенные полицией по революционерам были весьма ощутимыми. Но Департаменту полиции МВД не удалось остановить рост революционного движения и возникновение новых политических партий. В 1897 г. возник «Всеобщий еврейский рабочий союз в Литве, Польше и России» («Бунд»), объединивший все еврейские социал-демократические группы. В 1898 г. в Минске состоялся съезд, на котором была образована «Российская социал-демократическая рабочая партия» (РСДРП). В январе 1902 г. за границей официально была образована «Партия социалистов-революционеров» с центральным печатным органом «Революционная Россия» и девизом «В борьбе обретешь ты право свое!» Наблюдая за попытками социал-демократов встать во главе рабочего движения, начальник Московского охранного отделения С. В. Зубатов пришел к идее создания лояльного царскому правительству мирного профессионального рабочего движения. Такая «легализация» рабочего движения получила впоследствии название «зубатовщины».
В Москве был образован ряд рабочих кружков, где проводились соответствующие лекции и занятия. Одновременно, зная через агентуру о реальном положении на фабриках и заводах, охранное отделение приходило на помощь рабочим в случае несправедливых действий администрации. На 1902 г. пришелся расцвет зубатовских организаций в Москве. 22 февраля они устроили 45 тысячную манифестацию с возложением венка к памятнику царю — «освободителю» Александру II.
Аналогичные «общества» были созданы в начале 1903 г. в Санкт-Петербурге и Одессе. Однако «легализация» в Одессе закончилась летом 1903 г. большой забастовкой, в которой приняли участие главным образом сорганизованные полицией рабочие. Этот провал, наряду с некоторыми другими обстоятельствами, стал причиной увольнения С. В. Зубатова из политической полиции.
Отказавшись от «легализации», охранные отделения на местах стали прибегать в борьбе с революционным движением к двум основным методам. Суть первого из них заключалась в том, что революционной организации давали сплотиться, а затем ликвидировали ее, чтобы дать прокуратуре как можно больше доказательств виновности ее членов. Второй метод сводился к нанесению систематических ударов по революционным кругам, чтобы мешать их работе, не давать сорганизоваться, то есть действовать в основном на упреждение. Сторонниками последнего метода являлись А. В. Герасимов, А. И. Спиридович и некоторые другие видные деятели политического сыска.
В более простых ситуациях, например, для предотвращения или разгона первомайских митингов, охранные отделения обходились простой демонстрацией силы или упреждающими задержаниями организаторов сроком на 2–3 недели.
Основной упор в работе охранных отделений и ГЖУ по возникшим революционным партиям и рабочему движению делался на использование внутренней агентуры. После революции 1917 г. стали известны имена ряда видных революционеров, активно сотрудничавших с политической полицией. Так, успехи Московского охранного отделения в борьбе с большевиками во многом были связаны, в частности, с информацией, полученной от завербованного в 1902 г. агента Я. А. Житомирского. Последний входил в берлинскую группу ленинской «Искры», участвовал в 1907 г. в V (Лондонском) съезде РСДРП и других совещаниях и конференциях социал-демократов. Важные сведения поставляли органам политического сыска внутренние агенты З. Ф. Жученко-Гернгросс, М. И. Гурович, Л. Д. Бейтнер и др.
Начиная с 1901 г. внутриполитическая ситуация в стране обострилась в связи с переходом ряда революционных организаций, впоследствии образовавших партию эсеров, к тактике террора. 14 февраля, бывший студент П. В. Карпович выстрелом из револьвера смертельно ранил министра народного просвещения Н. П. Боголепова, 9 марта Н. Лаговский пытался убить обер-прокурора Святейшего Синода К. П. Победоносцева. Специально для осуществления террористических актов в конце 1901 г. эсеры создали Боевую организация (БО). Ее основателем и первым руководителем стал Г. А. Гершуни.
2 апреля 1902 г. эсерам удалось еще более дерзкое покушение — С. В. Балмашов двумя выстрелами из револьвера смертельно ранил министра внутренних дел Д. С. Сипягина.
Департамент полиции и местные органы политического сыска активно включились в работу по поиску членов БО эсеров. Г. А. Гершуни был объявлен во всероссийский розыск. 13 мая 1903 г. руководителя БО удалось арестовать в Киеве сотрудникам местного охранного отделения, получившим агентурные данные о его предстоящем приезде.
После ареста Гершуни во главе БО партии эсеров оказался агент Департамента полиции Е. Ф. Азеф. Опасаясь быть заподозренным в предательстве, он скрыл от Департамента полиции факт подготовки к новому громкому террористическому акту. В результате органы политического сыска оказались бессильными предотвратить убийство эсерами 15 июля 1904 г. министра внутренних дел В. К. Плеве.