Поздней осенью 1904 г. руководители Боевой организации и члены ЦК партии эсеров приняли решение совершить одновременно серию покушений на придворных сановников. Боевой организацией были сформированы три отдельных «летучих» отряда.
Петербургскому отряду во главе с М. Швейцером была поставлена задача организовать взрыв 14 марта 1905 г. во время торжественной панихиды с участием царской семьи в церкви при Петропавловской крепости. Однако в ночь на 11 марта Швейцер погиб в результате взрыва заряжаемой бомбы в номере гостиницы «Бристоль». Начальник Петербургского охранного отделения А. В. Герасимов правильно оценил ситуацию и принял все меры к выявлению через агентуру и задержанию остальных террористов. К концу марта 1905 г. вся группа численностью в 20 человек была арестована.
Направленный в Киев отряд Боришанского в составе трех человек не выполнил своего поручения благодаря грамотной работе местного охранного отделения. Через имеющуюся агентуру начальнику охранного отделения А. И. Спиридовичу удалось внушить потенциальным исполнителям, что предполагаемый объект покушения — генерал-губернатор Н. В. Клейгельс не дает своим поведением никаких оснований для таких действий и, следовательно, убийство не произведет должного впечатления.
Удача сопутствовала эсерам-боевикам только в Москве, где террористический отряд возглавлял Б. В. Савинков. 4 февраля 1905 г. И. К. Каляеву удалось убить великого князя Сергея Александровича.
Незавидную роль сыграла политическая полиция в известных событиях 9 января 1905 г., получивших название «Кровавого воскресенья». После увольнения в 1903 г. С. В. Зубатова Департамент полиции фактически не контролировал деятельность петербургской проправительственной рабочей организации, созданной им и насчитывавшей более 10 тыс. человек, во главе которой стоял агент политической полиции священник Г. А. Гапон.
Увольнение в конце 1904 г. директором Путиловского завода четырех рабочих-членов общества Гапона привело к забастовке, охватившей практически весь Петербург. 9 января 1905 г. организованное Гапоном мирное шествие рабочих с петицией к царю было расстреляно войсками. Это событие стало началом Первой русской революции.
К осени 1905 г. Россию захлестнула волна выступлений рабочих и других слоев населения, а 19 сентября началась самая крупная в истории страны всеобщая забастовка, которая постепенно распространилась почти на все отрасли промышленности и другие сферы экономики. 13 октября в Петербурге образовался Совет рабочих депутатов.
Под давлением общественного мнения, прессы, чувствуя колебания в верхних эшелонах власти, Департамент полиции и местные руководители жандармских органов с лета 1905 г. избегали применять такие жесткие и непопулярные меры пресечения революционной деятельности, как аресты и высылки. Исключение делалось только для революционеров-террористов. По-видимому, товарищ министра внутренних дел, заведующий полицией и командующий корпусом жандармов Д. Ф. Трепов, другие руководители политической полиции возлагали большие надежды на предстоящее появление Манифеста о гражданских свободах и выборах в Думу.
17 октября Манифест был опубликован, однако успокоения в России и, в частности, в Петербурге, не наступило. Более того, Петербургский Совет рабочих депутатов начал превращаться в действительный орган власти, который приступил к созданию собственной милиции. В столице наблюдалось постепенное революционное разложение частей гарнизона.
Начальник Петербургского охранного отделения А. В. Герасимов долгое время не мог получить разрешения министра внутренних дел П. Н. Дурново на арест членов Совета. Только в начале декабря, в условиях резкого обострения ситуации в Москве, где дело дошло до вооруженного восстания, власти решились на проведение жестких карательных мер.
В ночь с 7 на 8 декабря 1905 г. в Петербурге было произведено около 350 обысков, захвачено 3 лаборатории по изготовлению динамита, около 500 готовых бомб, много оружия, несколько нелегальных типографий. В ряде случаев революционеры оказывали вооруженное сопротивление. На следующий день политическая полиция осуществила в городе еще 400 обысков и арестов, что позволило предотвратить вооруженное восстание в столице.
Во все жандармские управления и охранные отделения империи была разослана телеграмма о необходимости немедленного ареста руководителей революционных партий и организаций, подавления антиправительственных выступлений, не останавливаясь перед применением военной силы. В помощь политической полиции была привлечена армия. Тем не менее, покончить с открытыми выступлениями правительству удалось в основном лишь к весне 1906 г.