Что касается основной партии эсеров, то, убедившись, что правительство не идет на уступки Государственной Думе, ЦК партии социалистов-революционеров уже в июне 1906 г. принял решение возобновить террор. Руководителем БО партии вновь был назначен секретный сотрудник Департамента полиции Е. Ф. Азеф, что создавало политической полиции благоприятные возможности для предотвращения покушений.
По мнению начальника Петербургского охранного отделения А. В. Герасимова, следовало создать в партии эсеров и ее БО мнение о полной невозможности террора против царя и высших чиновников правительства. В этих условиях арест членов Боевой организации не входил в планы охранного отделения. Все усилия были направлены на то, чтобы боевики постоянно шли по ложному следу и, в конце концов, измученные безрезультативностью работы, теряли веру в смысл своей деятельности. Благодаря царившей в БО строгой дисциплине, возможность бесконтрольных действий боевиков в обход Азефа была сведена к минимуму.
Однако результаты этой сложной операции оказались не совсем удовлетворительными. После ряда неудачных покушений осенью 1906 г. на заседании ЦК партии Азеф выступил с предложением прекратить «центральный террор» и распустить БО. В результате длительного обсуждения было принято решение принять отставку Азефа и солидарного с ним Савинкова, распустить БО и создать особый Боевой отряд из тех ее членов, которые выразили желание продолжить работу по террору.
После ухода Азефа и роспуска БО Департамент полиции оказался в сложном положении: террористическая работа стала вестись несколькими самостоятельными группами. Основной из них был Боевой отряд при ЦК партии во главе с Зильбербергом. Небольшая специальная группа была создана для подготовки покушения на петербургского градоначальника В. Ф. Лауница. Третий отряд был создан самостоятельно латышом А. Д. Траубергом («Карлом»).
Вновь образованные террористические группы отказались от старой тактики организации покушений, которая заключалась в длительном изучении обстановки на месте. Находясь на территории Финляндии, пользовавшейся автономными правами, они действовали короткими наездами. В конце 1906 — начале 1907 гг. им удалось совершить ряд покушений, в том числе убить начальника Дерябинской тюрьмы, главного военного прокурора Павлова, петербургского градоначальника фон-дер Лауница.
Петербургское охранное отделение первоначально не располагало внутренней агентурой во вновь созданных террористических организациях и не могло пресечь их деятельность. Но через определенное время через Азефа и других внутренних агентов удалось собрать информацию о местонахождении групп, данные на многих террористов, включая описание их внешности.
В октябре 1907 г. политическая полиция получила разрешение проводить соответствующие мероприятия на территории Финляндии, после чего были проведены обыски и аресты террористов как на финской территории, так и непосредственно в Петербурге. Последние «летучие» отряды эсеров-террористов были уничтожены.
Первая русская революция закончилась победой правительственных сил. Большую роль в подавлении революционных выступлений сыграло то обстоятельство, что в 1905–1907 гг. более 70 % губерний страны были объявлены на положении «чрезвычайной» и «усиленной» охраны.
По воспоминаниям А. В. Герасимова, в течение зимы 1908–1909 гг. в Петербурге не существовало ни одной типографии, не выходило ни одной нелегальной газеты, не работала ни одна революционная организация. Значительный моральный удар по партии эсеров нанесло разоблачение провокаторства Азефа.
Как следствие, все попытки руководства партии эсеров возродить систематический террор заканчивались неудачей.
После революции Особый отдел Департамента полиции МВД стал уделять больше внимания аналитической работе. События 1905–1907 гг. показали, что основную опасность для существующего режима представляют не столько террористы, сколько массовое общественное и революционное движение. Поэтому, подавив открытые выступления и разгромив наиболее крупные и активные революционные организации, охранные отделения в период так называемого «успокоения страны» стремились взять под плотный контроль не только революционные партии, но и все слои населения, профсоюзные и общественные организации, которые могли представлять потенциальную опасность для самодержавия.
В 1908–1911 гг. появился целый ряд циркуляров Департамента полиции о приобретении секретной агентуры среди рабочих железных дорог, студенчества, о принятии мер по агентурному освещению просветительских организаций и т. п.
Внимание охранных отделений в этот период начинают привлекать также армия и флот.