Задолго до вывода советских войск из Афганистана Москва и Ташкент культивировали афганских узбеков, чтобы использовать их в качестве санитарного кордона на севере Афганистана, способного сопротивляться натиску моджахедов. Около десяти лет такой политике сопутствовал успех. Генерал Рашид Дустом контролировал шесть провинций и, пользуясь военной помощью Москвы и Ташкента, отбивал все атаки сначала моджахедов, а потом и талибов. Каримов тем временем пытался создать антиталибский блок из республик Средней Азии и России. Однако после падения Мазари-Шарифа в 1998 году политика Каримова провалилась, а Талибан оказался ближайшим соседом Узбекистана. После этого влияние Узбекистана в Афганистане заметно уменьшилось, так как Каримов не хотел поддерживать таджика Масуда.
Вместе с тем Каримов безуспешно пытался повлиять на события в Таджикистане, где узбеки составляют 24 процента населения. В 1992 году Каримов оказал военную помощь таджикскому правительству для подавления мятежа исламистов. В 1996 году во время переговоров между соперниками Каримов попытался заставить обе стороны предоставить больше прав узбекскому меньшинству и поддержал восстания узбеков на севере Таджикистана. Каримов продолжает противиться попыткам таджиков создать коалиционное правительство с участием мятежников, поскольку это показало бы исламистов в слишком хорошем свете — в том числе и отчаявшимся жителям Узбекистана.
Каримов управляет авторитарным полицейским государством и указывает на гражданскую войну в Афганистане как на причину репрессий в своей стране. Наиболее значительное сопротивление Каримову оказывает радикальное исламское подполье в Ферганской долине, включающее и группы ваххабитов. Многие подпольщики тайно учились в Саудовской Аравии и Пакистане или прошли подготовку в лагерях афганских моджахедов в 80-е годы. Впоследствии они установили связи с талибами.
Каримов ввел самые суровые в республиках Средней Азии законы против исламского фундаментализма. Он ограничил все, начиная от обучения в
Но, несмотря на это, Узбекистан — ведущий игрок в новой Большой игре. Он производит достаточно нефти и газа, чтобы покрыть свои собственные потребности, и вскоре станет их экспортером. Сначала нефтяные компании пренебрегали Узбекистаном, торопясь заключить контракты с его соседями. Каримов с завистью относился к их успехам в деле привлечения иностранных инвестиций, хотя и отказывался ослабить государственный контроль над экономикой для привлечения иностранных инвесторов. По мере того как Узбекистан становится экспортером энергии, он приобретает больший интерес к постройке новых газо- и нефтепроводов, выгодных ему, но в то же время он будет стараться не допустить чрезмерного процветания своих соседей и увеличить свое влияние в регионе.
500-тысячное туркменское население Афганистана появилось вследствие гражданской войны 1920-х годов в Советском Союзе. Первыми переселенцами были люди племени эсари в начале XIX века, за ними, после неудачи антибольшевистского восстания, последовало племя теке. Туркмения — бедная страна пустынь и гор, населенная кочевыми племенами туркменов. После отчаянного сопротивления они последовательно покорялись персам, тюркам, а затем и русским. До девятнадцатого века границы не имели значения для туркменов, свободно перемещавшихся по региону. Около 300 тысяч туркменов до сих пор живут в Иране, 170 тысяч в Ираке, 80 тысяч в Сирии и несколько тысяч в Турции.
Самое большое туркменское племя, теке, начало сопротивляться наступлению русских в 1870 году и в 1881 году уничтожило русскую армию у крепости в оазисе Геок-Тепе. Через год русская армия в отместку уничтожила шесть тысяч туркменских всадников. В 1916 году туркмены под предводительством своего харизматического вождя, Мохаммада Курбан Джунаид-хана, начали долгую и кровавую войну сначала против царской России, а потом и против большевиков. В 1927 году Джунаид-хан потерпел поражение и ушел в Афганистан.