В советское время памятник не охранялся и к началу 70-х годов XX столетия пришел в ветхость. Бронзовые доски с именами погибших моряков исчезли, были сорваны бронзовые украшения. Утрачена и икона Святителя Николая Чудотворца.
В 1973 году памятник отремонтировали и воссоздали утраченные тексты. И все же его сегодняшний вид во многом отличается от первоначального, авторского варианта.
Е. И. Исакова и М. В. Шкаровский в исторической монографии, посвященной флотским храмам, справедливо полагают, что императрица Елизавета Петровна, отдавая распоряжение о строительстве в Морской слободе собора, вряд ли предполагала, что он станет памятником славы отечественного флота. Отнюдь, ему в то время предназначалась обычная роль местной приходской церкви для работных людей адмиралтейских заводов и жителей Коломны. Авторы труда по истории Никольского собора и других церквей при Адмиралтействе отмечали, что «на особое положение этого собора обратила внимание Екатерина Великая. К началу ее царствования практически завершили его строительство и уже освятили нижнюю церковь. Новый храм по своему великолепию и размерам уступал в то время только Петропавловскому собору. На освящении верхней церкви в честь Богоявления и нижнего левого придела во имя Святителя Дмитрия Ростовского, состоявшемся 20 июля 1762 года, изволила присутствовать сама императрица. В тот же день Екатерина II „изустно повелела“ новоосвященную церковь именовать Морским собором».
Собственно, именно это царское повеление определило дальнейшую судьбу храма и его место в истории российского военно-морского флота. С этого времени и поныне все знаменательные события и «виктории» русских моряков отмечаются в Никольском Морском соборе. Известия о победах отечественного флота всегда праздновались с особой торжественностью. В эти дни всем чинам Адмиралтейств-коллегии, флагманам и экспедиторам объявлялось о высочайшем повелении прибыть в церковь Святителя Николая вместе с младшими офицерами и нижними чинами корабельного и галерного флота. Перед приездом монарха устанавливались караулы и «фрунты» – четкие шеренги моряков вдоль шествия императора или императрицы. С тех же далеких времен была учреждена традиция – выстраивать в парадном строю кадет и гардемарин Морского кадетского корпуса «как с ружьем, так и без ружья».
После торжественных молебнов в Морском соборе, начиная с 1777 года, по высочайшему повелению, по окончании текста царского многолетия обязательно возглашалась вечная память Петру I, с добавлением фразы: «Основателю российского флота и виновнику морских побед».
1 августа 1914 года началась кровопролитная война с Германией, унесшая тысячи и тысячи жизней. Она перекорежила и исковеркала судьбы людей, разрушила и разбросала по всему свету семьи. По всей Европе мобилизовали огромные армии, каких ранее не видывал мир. Четыре миллиона русских бросили в мясорубку войны.
В соборе служили молебны перед отправлением офицеров и матросов в пекло жестоких сражений, а затем в жизнь старинного морского храма вторглись не менее трагические революционные события.
Декретом советской власти упразднили институт военного духовенства. Приказом по флоту и Морскому ведомству с 23 января 1918 года прекратили выплату жалованья Морскому духовенству – причт и собор вновь перешли в епархиальное ведение, в разряд приходских храмов.
Изъятие ценностей Никольского Морского собора прошло относительно спокойно. В 1922 году никто из членов причта еще не был арестован или осужден. В Николо-Богоявленском соборе за долгое время его существования собрались редкие и чрезвычайно ценные вещи, многие из которых представляли собой предметы огромной художественной и исторической значимости. Прихожане выкупали святыни, внося в районную конфискационную комиссию равное по весу количество серебра.
Николо-Богоявленский кафедральный Морской собор всегда был объектом постоянной заботы и внимания моряков-прихожан. Созданный вначале для духовных потребностей адмиралтейских служащих, в трактовке архитектора С. И. Чевакинского он становится не только шедевром зодчества высокого барокко, но и символом выхода России к берегам Балтики. Балтийские моряки и корабелы считали свой храм, с его редкой работы иконостасом и замечательным звоном колоколов, одной из лучших церквей Санкт-Петербурга. Императоры, адмиралы, офицеры, матросы и простой люд поддерживали его состояние, делая всевозможные дары и вклады. Из реликвий Никольского собора до нашего времени сохранилась частица мощей Святителя и чудотворца Николая (покровителя моряков), подаренная императрицей Александрой Федоровной. Греческими моряками храму поднесена 350-летняя икона Св. Николая Чудотворца. Императрица Екатерина II в память десяти побед русского флота пожаловала храму десять живописных образов в золотых ризах, размещенных в двух крестах, с двумя золотыми лампадами.