Во время его коронации как германского императора, состоявшейся во Франкфурте в 1212 году, Фридрих сгоряча поклялся отправиться в крестовый поход. Однако это заявление расходилось с планами его опекуна Иннокентия III, поэтому в тот момент поход был отложен. Когда же Иннокентий скончался, на его место заступил один из бывших учителей Фридриха – Ченцо Савелли, принявший имя Гонория III. Таким образом, с юных лет Фридрих оказался под полным контролем церкви. Его камергером стал рыцарь-храмовник брат Ричард, ранее находившийся в том же качестве при римском понтифике. Однако давнее соперничество между духовной и светской властью в Западной Европе внезапно обострилось из-за того, что Фридрих II занял одновременно два трона – германского императора и сицилийского короля. До сих пор, чтобы обезопасить положение Папской области и, как следствие, укрепить папский трон, римские иерархи искусственно разжигали противоречия между обеими державами. Но теперь из-за объединения двух государств под властью Фридриха Рим почувствовал реальную опасность. Не меньшую угрозу представлял и непредсказуемый, воинственный характер юного самодержца. В отличие от подавляющего большинства европейских правителей, чье образование и воспитание велось под присмотром и в рамках католической церкви, Фридрих ознакомился в Палермо со многими византийскими и арабскими идеями. Обе идеологии имели более длительную историю и были разработаны заметно глубже, чем соперничавшее с ними католическое учение, что невольно вызывало уважение и заставляло относиться к ним терпимо. Такие настроения резко контрастировали с фанатическим настроем католических монархов севера Европы. Снисходительное отношение к мусульманам, особенно характерное для сицилийского королевства, по-настоящему шокировало ортодоксальных католиков – современников Фридриха. Однако идеологические корни этого явления можно было проследить и в политике, проводимой орденом Храма в Испании. Например, тамплиеры, чтобы удержать мусульманское население, разрешали им совершать религиозные обряды и молитвы в своих владениях.
Зависимость мусульманских подданных от благосклонности Фридриха укрепляла и его собственное доверие к ним – среди охранников у него даже был сарацин. Однако его веротерпимость зиждилась не только на голом расчете: по мнению придворного биографа, «он обладал качеством, присущим подлинно культурным людям всех времен и народов, – искренним и глубоким восприятием культурных достоинств человечества в целом, независимо от расы и национальности». Но точно так же во все эпохи наблюдался и переход от терпимости к полному безразличию и далее – к абсолютному скептицизму. Неудивительно, что многие современники Фридриха сомневались, верит ли он вообще в Бога.
Поскольку личность германского императора постоянно очернялась его многочисленными врагами, довольно непросто отделить реальные факты от выдумки. При этом следует подчеркнуть, что даже многие современники-мусульмане, например дамасский летописец аль-Джавзи, считали его «законченным безбожником». А католический летописец Салибмен также отмечал, что «в нем не было ни капли истинной веры», но «если бы он действительно стал добрым католиком и возлюбил Бога, Христову церковь и свою душу, и ему не нашлось бы равных среди самодержцев всего мира». Говорят, что Фридрих даже высмеивал обряд причастия («Как долго будут продолжаться эти фокусы с хлебом?») и непорочное зачатие Богородицы («Надо быть полным идиотом, чтобы поверить, будто Христа родила непорочная Дева Мария… никто не может родиться без предварительного соития мужчины и женщины»). Известно, что факт непорочного зачатия Христа Девой Марией признается не только христианами, но и мусульманами. Однако, несмотря на их дружеские отношения с Фридрихом, тот не выказывал уважения ни к пророку Мухаммеду, ни к Иисусу Христу, считая их – наряду с Моисеем – «самыми выдающимися мошенниками и самозванцами на земле».
И хотя приведенные высказывания можно рассматривать как заведомое преувеличение со стороны его врагов из Папской курии, такие характеристики во многом совпадают с мнением дружески настроенных к нему мусульман. Другими словами, Фридрих плохо вписывался в окружающие его исторические обстоятельства. Видимо, он был склонен к научному мировоззрению, больше характерному для нашей эпохи, но не для Средневековья. Так, в предисловии к трактату, посвященному соколиной охоте, «Dе аrte Venandi», он написал, что «старался представить в этом труде… вещи именно и том виде, как они выглядят в действительности», а в другом месте отметил, что «не следует верить ничему на слово, надо всегда сверяться с природой и отыскивать истинные причины». В результате получилась гремучая смесь из учений и практик царя Соломона, Исаака Ньютона и – о чем не подозревали его современники – доктора Менгеле.