Предложения наркома получили поддержку. В соответствии с Постановлением ГКО от 19 апреля 1945 г. № 8206 "Об организации в системе наркомата боеприпасов конструкторского бюро и опытного завода по реактивным снарядам" Ванников 29 апреля 1945 г. приказом № 169 разместил новую организацию — ГЦКБ-1 — в корпусе № 5 на территории завода № 67. Однако всего через десять дней завершилась война с Германией и множество мобилизованных предприятий вернулись к выпуску мирной продукции. Завод № 67 оказался перегружен заказами, переданными ему от "демобилизованных" предприятий… По согласованию с правительством Ванников разместил ГЦКБ-1 на территории завода № 775 Наркомата боеприпасов, на улице Верхней, поблизости от Белорусского вокзала столицы.
Постановлением Совнаркома от 7 января 1946 г. № 23 в порядке своего рода "послевоенной демобилизации" наименований руководящих государственных органов Наркомат боеприпасов был преобразован в Наркомат сельскохозяйственного машиностроения с передачей ему также и ряда предприятий, в действительности связанных с обеспечением колхозов и совхозов вполне мирной техникой. Переименованное таким образом ведомство вскоре, 15 марта того же года, как и все наркоматы, стало именоваться министерством.
После окончания боевых действий неорганизованный вывоз и освоение трофейных образцов немецкой ракетной техники и документации, равно как и активизация аналогичных отечественных разработок привели к неоправданному параллелизму в работе организаций различных министерств и ведомств. Элементарный порядок был восстановлен после выхода важнейшего для развития отечественного ракетостроения Постановления Совета Министров СССР № 1017-419 от 13 мая 1946 г. по вопросам реактивного вооружения, определившего, в соответствии с п.6, Министерство сельскохозяйственного машиностроения (МСХМ) ответственным по разработке и производству реактивных снарядов с пороховыми двигателями.
"В целях выполнения возложенных на Министерства задач…" подпунктом "б" п.9 Постановления предписывалось создать …"в Министерстве сельскохозяйственного машиностроения — Научно-исследовательский институт пороховых реактивных снарядов на базе ГЦКБ-1, Конструкторское Бюро на базе филиала № 2 НИИ- 1 Минавиапрома и Научно-исследовательский полигон реактивных снарядов на базе Софринского полигона".
Ванников 18 мая 1946 г. издает приказ № 118, по которому, в соответствии с Постановлением, ГЦКБ-1 Минсельхозмаша впредь именуется НИИ-1. Преобразование филиала № 2 НИИ-1 Минавиапрома в КБ-2 Минсельхозмаша потребовало оформления совместного приказа двух министров от 24 мая за №№ 213/123.
Обеспечение обороноспособности страны — задача сложная и многогранная. В середине июня 1946 г. партия и правительство поручили Ванникову еще более ответственную деятельность по созданию отечественного атомного оружия в должности заместителя начальника Первого главного управления при Совете Министров СССР, а Минсельхозмаш возглавил Петр Николаевич Горемыкин.
Преобразования а руководстве отрасли отразились бытовой суетой в жизни разработчиков реактивной техники. По указанию нового министра НИИ-1 и КБ-2 в октябре-ноябре 1946 г. вынуждены обменяться занимаемой территорией. НИИ-1 после этого раз и навсегда обрел пристанище на берегах Лихоборки в Ново- Владыкино, но КБ-2 уже в начале 1947. пришлось еще раз сменить дислокацию — перебраться от Белорусского вокзала в район нынешнего метро "Семеновская" на территорию завода № 67 ("Мастяжарт").
Помимо предусмотренных Постановлением 1946 г. НИИ-1 и КБ-2 в области создания пороховых реактивных снарядов фактически работали и другие организации Минсельхозмаша.