Однако в дальнейшем НИИ-3 утратил ведущую роль в разработке реактивных снарядов, что в значительной мере связано с переключением основных сил института на решение других задач.
Фактический руководитель института Андрей Григорьевич Костиков обратился в правительство с проектом создания ракетного перехватчика и добился рассмотрения своего предложения И.В. Сталиным. Постановлением Государственного комитета обороны (ГОКО) № 2105от26 июля 1942 г. Костикову поручили создание самолета перехватчика, получившего наименование "302". Для выполнения задания НИИ-3 Постановлением ГОКО № 2046 от 15 июля 1942 г. преобразовали в Государственный институт реактивной техники (ГИРТ), выведя его из Наркомата боеприпасов в непосредственное подчинение правительству — Совету народных комиссаров (СНК). Костиков был назначен начальником ГИРТ, в состав которого также включили авиационные заводы № 55 и № 462.
При сосредоточении практически всех основных сил на создании самолета "302" задачи совершенствования реактивных снарядов стали решаться неудовлетворительно. Созданный коллективом ГИРТ снаряд М-20 оказался неэффективным, так как не обеспечивал должного фугасного действия из-за большого удлинения боевой части. Пришедший ему на смену более удачный М-30 был разработан без участия института группой офицеров Главного управления вооружения Гвардейских минометных частей (ГУВ ГМЧ).
Позднее ГИРТ принял участие в создании ГУВ ГМЧ реактивного снаряда М-31 с более мощным ракетным двигателем, однако важнейшие работы по улучшению кучности М-13 и М-31 осуществлялись без привлечения ГИРТ, все тем же ГУВ ГМЧ в содружестве с ЦАГИ, где работы велись под общим руководством Сергея Алексеевича Христиановича. В результате на опытных проворачиваемых реактивных снарядах К-23А и К-20 было достигнуто уменьшение площади рассеивания в 3…4 раза по сравнению с М-13 и М-31. Эти работы велись не только без всякой поддержки, но и при прямом противодействии руководства ГИРТ — в ноябре 1943 г. Костиков направил командующему Гвардейскими минометными частями генералу-лейтенанту П. А. Дегтяреву жалобу на его же подчиненных из ГУВ ГМЧ, занятых якобы бесперспективными работами. Тем не менее после успешных испытаний К-23А и К- 20 были запущены в серию как М-13УК и М-31УК.