Винсент П. Де-Покс | Vincent P. DePoix | 25.11.1961 - 20.06.1963 |
Фредерик X. Микаэлис | Frederick Н. Michaelis | 20.06.1963 - 17.07.1965 |
Джеймс Л. Холлоуэй III (третий) | James L. Holloway III | 17.07.1965 — 11.07.1967 |
Кент Л. Ли | Kent L. Lee | 11.07.1967 - 08.07.1969 |
Форрест С. Петерсен | Forrest S. Petersen | 08.07.1969 - 03.12.1971 |
Эрнест Э. Тиссо | Ernest E. Tissot | 03.12.1971 — 09.04.1974 |
Кэрол С. Смит | Carol C. Smith | 09.04.1974 - 10.12.1976 |
Джеймс У. Остин | James W. Austin | 10.12.1976 - 23.02.1980 |
Роберт Дж. Келли | Robert J. Kelly | 23.02.1980 — 17.06.1983 |
Роберт Л. Лешнер | Robert L. Leuschner | 17.06.1983 — 27.01.1986 |
Роберт Дж. -Роки» Спейн | Robert J. .Rocky» Spane | 27 01 1986 — 28 10.1988 |
Гарри Т. Риттенур | Harry T. Rittenour | 28.10.1988 - 07.08.1991 |
Дэниэл С. Роупер | Daniel C. Roper | 07.08.1991 — 27.08.1993 |
Ричард Дж. Ноутон | Richard J. Naughton | 27.08.1993 — 02.02.1996 |
Майкл Д Мэлоун | Michael D. Malone | 02.02.1996 - 10.11.1997 |
Эван М. Чаник | Evan M. Chanik | 10.11.1997 - 10.03.2000 |
Джеймс А. Уиннефельд-младший | James A. Winnefeld. Jr. | 10.03.2000 - 15.02.2002 |
Эрик С. Нидлингер | Eric C. Neidlinger | 15.02.2002 - 10.12.2004 |
Лоуренс С. Райс | Lawrence S. Rice | 10.12.2004 — наст. вp. |
К началу марта 1999 г. обстановка на Балканах несколько нормализовалась, и «Энтерпрайз» смог совершить заход в итальянскую ВМБ Триест (Trieste) – свой последний, как говорят американцы, «портовый визит» (port call) в Средиземноморье, перед тем как авианосная группа ушла обратно в Индийский океан. Ее место в Средиземном море заняла АМГ во главе с АВМА «Теодор Рузвельт» (Theodore Roosevelt, CVN-71).
14 марта атомоход смен ил в Аравийском море АВМА «Карл Винсон» (Carl Vinson, CVN-70) в рамках операции Southern Watch. А 6 мая, выполнив все возложенные на него задачи, «Энтерпрайз» вернулся в родную базу.
Всего за время боевой службы 1998- 1999 гг. авианосец прошел 50 тыс. миль за 151 ходовые сутки. Самолеты и вертолеты его авиационного крыла совершили около 9 тыс. самолето-вылетов, налетав в общей сложности около 17 тыс. часов. Через некоторое время после возвращения домой, в августе месяце, корабль был поставлен в док «Ньюпорт ньюс шип билдинг» для проведения очередной локальной модернизации. Работы, общая стоимость которых, по американским данным, составила около 80 млн. долл. США, были завершены к 18 декабря 1999 г.