Трагический случай с СМ-5 привел к определенным организационным последствиям. Решением Волго-Вятского Совета народного хозяйства (ВВСНХ), которому подчинялось тогда ЦКБ по СПК, были прекращены не только испытания пилотируемых СМ, но и вообще работы по экранопланам, а самолеты, имевшиеся у ЦКБ, следовало передать авиазаводу. Так, в приказе ВВСНХ от 18 сентября 1964 г. был сделан категорический вывод: «Катастрофа произошла вследствие плохой организации испытательной службы, пренебрежительного отношения к этой службе ряда руководителей ЦКБ, плохой подготовки летного состава к проведению испытаний и нежелания создавать испытательную службу, что может привести к длительной задержке испытаний корабля КМ и невыполнению решения правительства…» Этим приказом начальнику-главному конструктору ЦКБ по СПК предписывалось провести необходимые работы по срочному созданию летно-испытательной службы.
Понятие того, что динамика движения новых аппаратов и принцип управления ими носят совершенно иной, отличный от судовождения, характер, приходило вместе с накоплением опыта испытаний пилотируемых самоходных моделей. Р.Е. Алексеев пришел к очевидному выводу: управлять такими «судами» должны специально подготовленные пилоты.
Выполняя указание ВВСНХ, Ростислав Евгеньевич обратился в облвоенкомат Горького с просьбой подобрать из увольняемых в запас опытного летчика из руководящего состава для организации летной работы в ЦКБ. Таким кандидатом оказался полковник ВВС в отставке В.Ф. Логинов. После решения всех организационных вопросов приказом №1 от 13 января 1965 г. в ЦКБ по СПК был создан Летно-испытательный отдел (ЛИО). На дебаркадере испытательной станции №2 были выделены помещения для летного и технического состава новой службы, метеостанции, учебного класса и отдельное помещение для медпункта, жилой дом, где разместился весь летно-технический состав ЛИО. На дебаркадере соорудили надстройку для командно-дистанционного пункта (КДП).
Тогда же для изучения конструкторами-корабелами реальных авиационных конструкций и условий полета ЦКБ по СПК закупило три списанных самолета Ил-28, которые были доставлены на испытательную станцию из Праги. Потом многие приборы и элементы систем с этих самолетов использовались при постройке самоходных моделей. Несколько бывших «водителей» были посланы на обучение в ЛИИ им. М.М. Громова. Для тренировок летного состава в штате ЦКБ был сформирован летный отряд (ЛО), закуплены самолеты «Супер Аэро» чехословацкого производства и Як-12.
Пока решались организационные вопросы, Алексеев решил предложить экранопланы воздушно-десантным войскам (ВДВ) в качестве средства доставки личного состава и техники. При необходимости экраноплан мог лететь к месту высадки десанта на большой высоте, а при подходе к цели снижаться и подходить на малой высоте, на экране. При этом экономилось топливо и обеспечивалась скрытность подхода. Кроме того, экраноплан позволял высадить десант с техникой на прибрежной полосе или в глубине обороны противника практически на любом грунте.
В октябре 1964 г. было принято постановление ЦК КПСС и Совета Министров СССР о разработке эскизного проекта военно-транспортного экранолета (ВТЭ), получившего в документах индекс Т-1, со сроком исполнения 1965 г. Согласно ТТЗ, ВТЭ проекта Т-1 – аппарат, способный выполнять длительные полеты на сверхмалых высотах в интересах ВДВ для обеспечения посадочного десантирования личного состава и боевой техники вблизи от района их применения. Вместе с тем, в числе других возможностей Т-1 предусматривалось выполнение им полетов вне влияния эффекта экрана, на высотах до 7500 м, т.е. по-самолетному.
Компоновка экранолета отрабатывалась в ходе катапультных испытаний на треке и открытой воде, при буксировке и в аэродинамических трубах.
28 декабря 1965 г. эскизный проект был отправлен заказчику (ВВС), НИИ ВК ВМФ, в Минсудпром и в головной институт судпрома – ЦНИИ им. акад. А.Н. Крылова. Ветераны ЦКБ досих пор вспоминают работу над этим проектом, утверждая, что с таким же огромным воодушевлением и интересом они трудились ранее над проектом КМ. Специалисты ВВС, принимавшие участие в изучении представленных материалов, отмечали, что они давно не рассматривали так тщательно и на таком высоком теоретическом, конструкторском и исполнительском уровне выполненный эскизный проект.
Защита эскизного проекта по теме Т-1 состоялась в феврале 1966 г. в ЦКБ по СПК, в Чкаловском филиале ИС-2. Из Москвы прибыла группа высокопоставленных представителей оборонно-промышленного комплекса – министр обороны А.А. Гречко, Главный маршал авиации К.А. Вершинин, командующий ВДВ В.Ф. Маргелов, Главком ВМФ Г.С. Горшков, министр судостроительной промышленности Б.Е. Бутома и др. Очевидцы вспоминают, что, пока не началась защита, Вершинин долго искал на чертеже экраноплана шасси, но так и не нашел.