Цельнолитая полусферической формы башня танка Т-62 имела переменные углы наклона и толщину брони стенок. Максимальная толщина брони в лобовой части составляла 214 мм. Крепление пушки без вварной рамки позволило значительно уменьшить вырез в лобовой части башни (пушка в расточке амбразуры башни монтировалась с помощью обойм, надетых на цапфы люльки). Вследствие приближения шарнира прицела и кронштейна пулемета к оси цапф пушки амбразуры в башне для прицела и пулемета были сделаны по вертикали значительно меньших размеров, чем в башне танка Т-55.
Для обеспечения установки в башне новой, более мощной пушки диаметр погона башни «в свету» увеличили с 1816 до 2245 мм, что, кроме того, позволило при больших габаритах пушки сохранить неизменными объемы рабочих мест командира танка и наводчика, а также несколько расширить рабочее место заряжающего.
Шариковая опора башни представляла собой радиально-упорный подшипник с касанием шариков с беговыми дорожками в двух точках, с неподвижным охватывающим погоном. Такая конструкция характеризовалась большей нагруженностью и большей вероятностью раскрытия опоры, но обеспечивала установку пушки большего калибра. Уплотнение погона башни было аналогичным уплотнению его на танке Т-55.
Наружный погон командирской башенки монтировался на резиновых амортизаторах, уменьшавших вероятность его разрушения при снарядном обстреле. Для захвата башни тросами при ее монтаже и демонтаже имелись три крюка, а для удобства размещения и транспортировки танкового десанта – поручни.
Масса броневого корпуса и башни равнялась 18,21 т и составляла 50% от общей массы танка.
Т-62 оснащался системой ПАЗ, однако противорадиационные материалы (надбой и подбой) не устанавливались из-за отсутствия повышенных требований к уровню противорадиационной защиты при разработке танка и жестких ограничений по массе. В оборудование системы ПАЗ входили: уплотнения амбразур пушки, спаренного пулемета, прицела, а также крышек посадочных люков экипажа, перегородки МТО, опоры башни; механизмы закрывания амбразуры прицела, жалюзи, окон вытяжного вентилятора, шахты воздухопритока входного редуктора трансмиссии и генератора, воздухоподводящего патрубка нагнетателя; нагнетатель-сепаратор и комплект электрооборудования (радиометрический блок защиты РБЗ-1М, релейные коробки КРП-1 и КРП-2, электродвигатель нагнетателя МВ-67, запалы пиропатронов ПП-3 механизмов закрывания, электропровода). В работе системы ПАЗ участвовали также коробки КУВ-3 управления вентилятором и нагнетателем, относившиеся к системе УА ППО.
В отличие от танка Т-55, в Т-62 центробежный нагнетатель-сепаратор устанавливался в корме башни. Воздух к нагнетателю-сепаратору подводился по трубе через отверстие в кормовой части крыши башни, прикрытое броневым колпаком. Производительность нагнетателя составляла 110 л/с очищенного воздуха, а величина создаваемого им избыточного давления – не менее 147 Па (0,0015 кгс/см² ). Степень очистки нагнетаемого воздуха находилась в пределах 97-98%.
Для тушения пожара внутри корпуса и башни использовалась заимствованная у танка Т-55 система УА ППО «Роса», которая отличалась от последней размещением баллонов с углекислотой, коробки управления вентилятором КУВ- 3 и отдельных выпускных штуцеров-распределителей. Кроме того, масса пожаротушащего состава «3,5» в каждом баллоне была увеличена с 1,2-1,35 кг до 1,45-1,6 кг. Обнаружение пожара обеспечивалось восемью термодатчиками ТД-1, четыре из которых располагались в обитаемых отделениях, а четыре – в МТО. Тушение небольших очагов пожаров осуществлялось с помощью ручного углекислотного огнетушителя ОУ-2.
Постановка дымовой завесы производилась с использованием системы ТДА
В МТО поперек корпуса машины устанавливался дизель В-55В мощностью 426 кВт (580 л.с.) при частоте вращения коленчатого вала 2000 мин