В августе 2004 г. «Гидроход» выехал с завода с новым дизельным двигателем «Detroit Diesel». Систему охлаждения двигателя существенно переработали: радиатор был вынесен в расширенный корпус воздухозаборника за кабиной, где он лучше обдувался потоком воздуха, и оснащен блоком из четырех электровентиляторов. С ЗИЛа автомобиль сразу был отправлен в Бронницы на проходившую в это время очередную выставку военной автомобильной техники в НИИИ-21, где вновь принял участие в демонстрационных заездах. По работе двигателя теперь не имелось никаких нареканий.
После выставки «Гидроход» вновь вернулся на Автополигон НАМИ. Однако повторение прошлогодних исследований в этот раз не планировалось: первоочередной задачей на тот момент являлась сертификация опытного образца, для чего потребовалось провести измерение некоторых нормативных величин. В числе прочих определялись внешний шум и предельный угол опрокидывания автомобиля, которые оказались в пределах нормы.
По окончании этих исследований «Гидроход» перегнали на ЗИЛ, где совместно с сотрудниками «НАМИ-Сервис» были проведены некоторые доработки автомобиля. Самым главным нововведением, появившимся в этот период, стал пульт ручного управления, с помощью которого можно было индивидуально управлять каждым насосом и гидромотором. Это устройство позволило вручную задавать любое рассогласование в трансмиссии, имитируя тем самым «гибкий» регулируемый колесный привод. Теперь уже можно было непосредственно перейти к исследованиям различных типов привода в трансмиссии.
Наиболее обширные испытания автомобиля «Гидроход» (включавшие и период зимних испытаний) проводились в 2005-2006 гг.
В коллектив «НАМИ-Сервис» в этот период вошли выпускники кафедры «Автомобили» МГТУ «МАМИ» – С.Н. Коркин, Р.Х. Курмаев, М.А. Малкин, которые участвовали во всех последующих испытаниях и модернизации «Гидрохода» совместно со своими старшими коллегами А.С. Переладовым и А.А. Эйдманом. В первый год проведения испытаний участие в них принимали также В.М. Ролдугин и выпускник МАМИ инженер Д.Н. Гусаков.
В начале июня 2005 г. «Гидроход» вновь доставили на Автополигон НАМИ. Основным этапом комплексных испытаний стали испытания на проходимость автомобиля по грунту, для чего был подготовлен участок поля у поселка Дуброво Дмитровского района, рядом с полигоном.
Поясним сразу, что в отличие от, например, приемочных испытаний автомобиля, при испытаниях «Гидрохода» основной целью являлся научный эксперимент, а не прохождение общепринятого эталонного маршрута. Методика проведения этого эксперимента также разрабатывалась самими испытателями, так как подобные экспериментальные исследования еще никогда не осуществлялись.