В начале освоения комплекса его эксплуатация являлась совсем непростой задачей. У каждой системы был свой порядок проверки и регулировки, включение и выключение систем производилось по отдельности, но в строго определенном порядке, как и перевод систем с ручного на дистанционное управление и обратно. В частности, по словам Ю.В. Пантелеева, «В воинских частях спецы, способные справляться с аппаратурой защиты от помех, были известны командирам всех уровней наперечет». Тут можно вспомнить горькую шутку, приписываемую профессору кафедры «Радиотехнические системы» Горьковского политехнического института Ю.И. Пахомову: «Как включают СДЦ — все меняются в лице».
Проблемы в работе СДЦ появились, в частности, из-за нестабильности когерентного гетеродина. Да и рабочие кабины комплекса оказались довольно тесными. И все же комплексы отработали, и в боевом режиме они действовали достаточно успешно. Равных «Алтаю» в войсках ПВО просто не существовало.
Большое количество развернутых комплексов «Алтай», «задел» ЗИП, накопленный опыт применения определили долгий (до 1990-х гг.) срок их службы, несмотря на все трудности в эксплуатации. Этому немало способствовали и модернизации, которым подвергался комплекс, и специально созданная при Правдинском заводе эксплуатационная ремонтная служба (ЭРО). Необходимо отметить и тот факт, что специализированная в СССР внедренческая организация «Гранит» отказалась развертывать «Алтай» в войсках из-за его сложности по сравнению с ракетными комплексами.
Комплексы П-80 поставлялись также некоторым «дружественным» странам.
Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 5 февраля 1962 г. в составе Балахнинского электромеханического завода на основе 16-го отдела и отдела главного конструктора завода было организовано Отдельное конструкторское бюро (ОКБ). Его начальником стал В.А. Куликов, главным инженером — А.В. Савровский. Кроме инженерного сопровождения производства РЛК, участия в его испытаниях, отработки технической документации на ОКБ возлагались работы по модернизации радиолокационных станций и комплексов. Стоит отметить, что штат ОКБ БЭМЗ составлялся из специалистов, успевших досконально изучить РЛК «Алтай» и связанные с ним технические проблемы, из выпускников Горьковского политехнического, Тульского, Рязанского, Таганрогского, Одесского, Новосибирского, Ленинградского институтов, Балахнинского энергетического техникума, специалистов предприятий радиопромышленности Горького, Мурома и др. Как видно, крупнейший радиозавод старались обеспечить высококвалифицированными кадрами.
Первой самостоятельной работой ОКБ БЭМЗ стали ОКР «Пирамида» и «Потенциал- 63» по созданию аппаратуры контроля основных параметров РЛК «Алтай», проведенные под руководством В.Ф. Карантирова.
В 1962–1964 гг. специалисты Балахнинского электромеханического завода при участии НИИ-244 осуществили модернизацию РЛК «Алтай» (1РЛ118) с целью улучшения его эксплуатационных характеристик. Основными направлениями модернизации стали:
— разработка для дальномерных каналов новых приемо-передающих кабин с увеличенной грузоподъемностью, улучшенными характеристиками, более мощными опорно- поворотными устройствами;
— замена силового электропривода приемопередающих кабин дальномеров гидравлическим приводом с увеличенной мощностью, более жесткими характеристиками и меньшей динамической ошибкой;
— введение более мощного гидравлического привода наклона антенн;
— усовершенствование систем охлаждения магнетронов и вентиляции аппаратуры прицепов;
— улучшение конструкции индикатора кругового обзора, так как при испытаниях первых образцов РЛК индикаторы кругового обзора выходили из строя. Из-за слабой конструкции рамы и плохих игольчатых подшипников ломались хвостовики электронно-лучевых трубок, из-за плохого качества высокоомных резисторов (производства Душанбе) прогорал люминофор. Наблюдалось намагничивание системы развертки луча, что приводило к искажению меток дальности и азимута. Правдинскому заводу пришлось самому изготавливать игольчатые подшипники, высокоомные резисторы, разработать специальную технологию размагничивания;
— разработка новой, более совершенной системы электропитания.
В результате в 1964 г., уже на третьем году производства, в серию пошел модернизированный комплекс 1РЛ118М2. От «Алтая» прежними остались только принцип работы, параболы антенны и название, все остальное было так или иначе изменено.