Фукидид интересовался войной и политикой, особенно обоснованием политических решений греческих государств во время конфликта между Афинами и Спартой. Есть загадки, которые он не раскрывает: почему афиняне, построившие империю в Эгейском море, захотели ввязаться в войну в водах к западу от Греции, в Ионическом и Адриатическом морях; и насколько значимыми были коммерческие интересы Афин, Коринфа и Керкиры при принятии решения о начале войны. Коринфяне и афиняне не были слепы к новым деловым возможностям, которые открывались в Адриатике в течение пятого века до нашей эры. Экономические соображения, несомненно, лежали в основе другого решения афинского собрания: осадить Потидею, коринфскую колонию (и афинскую союзницу) на Халкидском полуострове, недалеко от современного города Салоники; Фессалия давала доступ к некоторым зерновым землям, из которых Афины черпали свои запасы, а контроль над Фессалией определял бы и контроль над северными островами Эгейского моря, такими как Лемнос, на которых доминировали Афины. Тем временем Пелопоннесская лига столкнулась с растущим хором жалоб на Афины, даже от своих собственных союзников: Айгина, остров, лежавший между Аттикой и Пелопоннесом, роптал на присутствие афинского гарнизона, что ставило под угрозу его автономию.36 Другими словами, остальные греки наблюдали за тем, как афиняне превращают свою систему союзов в империю, и задавались вопросом, когда и где этот процесс закончится. Спартанцы решили, что должны дать отмашку; многие в Спарте глубоко не хотели вступать в войну, и когда вопрос был поставлен на голосование в спартанском собрании, сначала было неясно, кричат ли сторонники войны громче, чем те, кто выступает за умиротворение.37
На первом этапе конфликта между Афинами и Спартой, так называемой Архидамской войне (431-421 гг. до н. э.), Афины смогли продемонстрировать свое превосходство на море; в 428 г. афиняне энергично отреагировали на восстание на Лесбосе, которое началось, когда жители его столицы, Митилены, сговорились сбросить афинскую власть над островом и расширили свой флот.38 Они сообщили Спарте, что афиняне "испытывают некоторую тревогу по поводу нашего флота - вдруг он соберется в единую силу и присоединится к вам или к какой-нибудь другой державе"; однако "если вы окажете нам искреннюю поддержку, то получите государство с большим флотом (который вам больше всего нужен)".39 Пелопоннесцы сразу же приняли митиленцев в свою лигу, но это не спасло Митилену от захвата афинянами. В знаменитых или печально известных дебатах, последовавших за этим, можно обнаружить самодостаточный, исключительный вкус афинской демократии: афиняне согласились с безжалостным предложением таких генералов, как Клеон, предать смерти всех мужчин-митиленцев, а всех женщин и детей обратить в рабство. Для исполнения этого указа на Лесбос была поспешно отправлена трирема. Однако афиняне продолжали сомневаться, и для отмены приговора была отправлена вторая трирема. Она мчалась за первой, но так и не догнала ее; однако прибыла как раз вовремя, чтобы спасти население. Это и была империя; как утверждали повстанцы, афиняне постепенно лишили своих союзников независимости и перестали относиться к ним как к равным.
Пелопоннесская война привела к массовым человеческим жертвам как в результате болезней, так и в результате человеческой жестокости. Чума, возможно, бубонная, пришла в Грецию в 430 году и опустошила Афины. Морские пути Средиземноморья всегда служили средством передачи пандемий, о чем красноречиво свидетельствуют лучше задокументированные случаи чумы при Юстиниане в шестом веке нашей эры или Черной смерти в четырнадцатом веке. Патологии этой болезни, которая рассматривалась как наказание богов за человеческие грехи, уделялось не так много внимания.
В 425 году афиняне попытались перенести войну на Пелопоннес, создав базу в Пилосе, бывшей столице древнего Нестора, откуда они могли вмешиваться в поставки, направлявшиеся в Спарту.40 В результате 440 спартанских гоплитов оказались на острове Сфактерия напротив Пилоса, и некоторое время их судьба казалась связанной с будущим этой войны. Эти люди, возможно, составляли десятую часть элитной спартанской армии, поэтому их вызволение было очень важным вопросом для Спарты. Местное перемирие между спартанцами и афинским полководцем привело к сдаче Афинам спартанского флота в этих водах, около шестидесяти судов, в качестве заложников, которые должны были удерживаться до завершения переговоров между двумя сторонами. Все это, казалось бы, сулило конец самой войне; но, как только спартанские делегаты предстали перед афинским собранием, они сочли невозможным признать фактическую победу своих врагов.41 Поэтому война продолжалась, и афинский полководец Клеон удивил всех, направив отряд в Пилос и добившись капитуляции гоплитов на Сфактерии - это не было повторением Фермопил.42