На первом этапе восстаний, с начала 1918 года (хотя очевидно, что корни движения уходят в антироссийские восстания 1916 года), были созданы басмаческие отряды численностью до 30 000 человек, выступавшие против свержения Кокандской автономии советской властью, многие из которых действовали от имени (и при поддержке) бухарского правителя Саид-мира Мухаммеда Алим-хана. Среди самых крупных из них была группа под командованием Мадамин-бека. К лету 1920 года эти силы, первоначально союзные с антибольшевистской (и преимущественно русской) Ферганской крестьянской армией К.И. Монстрова, установили контроль над богатой (но традиционно консервативной и исламски благосклонной) Ферганской долиной на юго-востоке Туркестана, противостоя туркестанской Красной армии, базировавшейся в Ташкенте, и связанным с ней силам недавно провозглашенных Хорезмской и Бухарской народных советских республик. Тем временем армия свергнутого бухарского эмира под командованием Мухаммада Ибрагим-бека сковывала действия Красной армии в окрестностях Бухары и в Гиссаркской долине до 1923 года. Однако с 1920 по 1921 год советские войска отвоевали часть территории, сочетая концентрированные и тяжелые военные наступления (теперь, когда их белые противники были на грани поражения, а железнодорожные пути в Ташкент были открыты из Оренбурга и Красноводска), в одном из которых погиб Мадамин-бек, и политические, экономические и религиозные уступки, включая возвращение местному населению имущества, принадлежащего духовенству (вакф), и разрешение на деятельность религиозных школ и судов. Этого, вместе с новыми торговыми свободами, предложенными НЭПом (в регионе, который, будучи хлопководческой моноэкономикой, испытывал серьезные экономические трудности во время изоляции от своего главного покупателя, России), было достаточно, чтобы привлечь на свою сторону часть населения - или, по крайней мере, гарантировать его нейтралитет в борьбе между красными и басмачами. Тем не менее, на этом этапе советское правительство, а тем более местное командование Красной армии, всегда затруднялось понять или даже правильно определить причины восстания против них, но проявило некоторую изобретательность в открытии нового "фронта" против своих противников, используя в своих интересах напряженность между полами в строго патриархальных мусульманских обществах Центральной Азии. Здесь, таким образом, можно говорить о гражданской войне между полами.
Второй этап этой затянувшейся коды к гражданским войнам в Центральной Азии начался в ноябре 1921 года с драматического прибытия в Советский Туркестан бывшего турецкого генерала и военного министра Энвер-паши, который, находясь в бегах от кемалистского режима, ретроспективно обвинявшего его в провоцировании национальной катастрофы путем втягивания Турции в Первую мировую войну на стороне Центральных держав, заключил соглашение с Москвой в 1920 году, но затем восстал против большевиков и присоединился к басмачам в свете предполагаемого партнерства советского правительства (выраженного в Московском и Карсском договорах 1921 года) с Кемалем Ататюрком. Будучи чужаком (и антиклерикальным модернизатором), Энвер вызвал отторжение у многих более религиозных групп басмачей, но, будучи женатым на представительнице семьи османских султанов, он сумел объединить других в более регулярную армию численностью не менее 16 000 человек под своим главным командованием (хотя только 2 000 из этого числа подчинялись ему напрямую). К началу 1922 года Энвер захватил большую часть туманной Бухарской Народной Советской Республики и привлек на свою сторону некоторых разочарованных джадидов, ранее сотрудничавших с советским режимом.
Однако такой широкий политический союз было трудно поддерживать: многие ультраконсервативные басмачи ("фанатики", как называл их Энвер в личной переписке) считали своим главным врагом не большевиков, а джадидов, и между группами разного этнического происхождения (особенно между туркменами и узбеками и киргизами и узбеками) существовала ожесточенная вражда. Более того, Москва ответила новым раундом уступок и более активными усилиями побудить мусульманское население присоединиться к российским красным силам для борьбы с басмачами во имя модернизации и "свержения тирании мулл". Впоследствии, в ряде крупных сражений летом 1922 года, красные войска (под командованием военспецов В.И. Шорина и Н.Е. Какурина) добились заметных успехов в борьбе с Энвером (который был ранен в бою, а затем погиб 4 августа 1922 года под Бальджуаном). В этот момент, хотя некоторые группы держались в отдаленных горных крепостях, собственно басмаческое движение на советской территории, можно сказать, было близко к своему краху. Однако местные советские власти по-прежнему терпели периодические, но очень вредные акты саботажа, засад и убийств, а также разрозненные рейды против военных опорных пунктов по всему региону.