Однако толчком к восстанию послужило решение Ставки, санкционированное Николаем II 25 июня 1916 года, о том, что в связи с нехваткой рабочей силы в промышленности и военном хозяйстве Европейской России 390 000 мужчин в возрасте от девятнадцати до сорока трех лет должны быть мобилизованы на военные работы из до сих пор освобожденных инородцев (туземцев, буквально "иностранцев") Центральной Азии. Формально они должны были входить в состав вооруженных сил, но им поручались работы по "строительству оборонительных укреплений и военных коммуникаций в прифронтовых районах, а также все другие работы, необходимые для обороны страны". Когда 30 июня - 8 июля 1918 года по прихоти царских администраторов, без должной подготовки и объяснений (и в разгар очень трудоемкого сбора хлопка) приказ был обнародован в Средней Азии, возникли неразбериха и паника: в частности, распространились слухи, что мужчин отправят воевать на фронт (некоторые из них - против мусульманской Турции). В течение нескольких дней большая часть региона, от Уральска на западе до Ферганы на востоке, подняла протест и восстание, особенно крупная демонстрация прошла в Ташкенте 11 июля, в то время как железнодорожные пути и телеграфные линии были широко саботированы по всему региону, а правительственные учреждения подверглись налетам, чтобы предотвратить принудительное перемещение тех, кого планировалось мобилизовать. Беспорядки и насилие были настолько масштабными, что 17 июля 1916 года весь Туркестанский край был объявлен на военном положении, а для командования Туркестанским военным округом с германского фронта был направлен генерал А.Н. Куропаткин, бывший военный министр империи (1898-1904), известный в русской армии как главный специалист по азиатским делам.
Однако, хотя восстание сартов (оседлого коренного населения) было быстро подавлено, беспорядки быстро распространились на кочевников казахской и туркоманской степи. Очень скоро, как отмечает один историк империи, когда 15-тысячные отряды повстанцев прокатились по всему региону, "в какой-то степени восстание приобрело характер "священной войны" против русских неверных и антиколониальной борьбы за независимость", особенно в Семиречье, где осело много русских переселенцев. Кроме того, почти впервые казахские лидеры преодолели соперничество кланов, чтобы провести региональные собрания, на которых обсуждались вопросы стратегии. Императорские власти расправились со всем этим резко и безжалостно. Командующим всеми силами, задействованными в подавлении восстания (и генерал-губернатором Верного), был полковник П.П. Иванов, который впоследствии, в 1918 году, получив повышение и переименовавшись в генерала Иванова-Ринова, стал атаманом Сибирского казачьего войска и главнокомандующим антибольшевистской Сибирской армией. Один из тех, кто пережил "усмирение" повстанческого района в Джизакской области (ныне в восточном Узбекистане), вспоминал, как Иванов:
Иванов отдал приказ стрелять, поджигать и конфисковывать домашнее имущество и сельскохозяйственный инвентарь. Отряды входили в деревни, сжигали имущество и расстреливали всех встречных. Женщин насиловали и совершали другие зверства. В деревнях сжигали урожай на полях, а собранное зерно конфисковывали. Люди бежали в город и в степь, бросая свои дома. Начался голод. Женщины бежали, оставляя детей. Беженцы голодали в далеких степных землях и в городах.
К таким действиям подталкивали приказы генерала Куропаткина, который требовал конфисковать товары из восставших районов. В соответствии с его предписаниями и рекомендациями, только в Туркоманском районе была изъята половина всего скота и палаток кочевников, а также 780 лошадей, 4800 верблюдов, 175 000 овец и 2500 голов крупного рогатого скота. По советским данным, во всем регионе было убито 88 000 "повстанцев" и еще 250 000 бежали (в основном из Семиречья) в Китай, что в сумме составляло 20 % коренного населения Центральной Азии. Кроме того, было убито или конфисковано 50 % лошадей, 55 % верблюдов, 39 % крупного рогатого скота и 58 % овец и коз. В то же время погибло чуть более 3 000 русских поселенцев и солдат. Посетители региона сообщали о картинах полного опустошения. Даже в 1919 году, через три года после восстания, геолог П.С. Назаров был потрясен тем, что он увидел по дороге из Токмака в село Самсоновка:
По дороге я все время проезжал большие русские поселения, и во всех них половина населения была пьяна; затем киргизские деревни, полностью разрушенные и стертые буквально с лица земли - деревни, где всего три года назад были оживленные базары и фермы, окруженные садами и полями люцерны. Теперь же со всех сторон пустыня. Казалось невероятным, что за столь короткое время можно было стереть с лица земли целые деревни с их развитой системой земледелия. Только при самом внимательном поиске я смог найти короткие пни их деревьев и остатки оросительных каналов...