Тринадцатая сессия Собора (октябрь 1551 года) подтвердила католическую доктрину транссубстанциации: священник, освящая хлеб и вино Евхаристии, фактически превращает каждый из них в тело и кровь Христа. После этого выслушивать протестантов казалось бесполезным, но Карл настоял на своем. Герцог Вюртембергский, курфюрст Саксонии Маурис и некоторые южногерманские города выбрали членов протестантской делегации, а Меланхтон составил изложение лютеранской доктрины для представления на Соборе. Карл предоставил делегатам безопасность, но те, помня о Констанце и Гусе, потребовали также безопасности от самого Собора. После долгих обсуждений она была дана. Однако один доминиканский монах, читая притчу о плевелах в том самом соборе, где проходили заседания, указал, что еретические плевелы можно терпеть какое-то время, но в конце концов их придется сжечь.43
24 января 1552 года протестантские депутаты обратились к собранию. Они предложили подтвердить постановления Констанцского и Базельского соборов о верховной власти соборов над папами, освободить членов нынешнего органа от клятв верности Юлию III, отменить все решения, принятые до сих пор собором, и провести новое обсуждение вопросов на расширенном синоде, в котором протестанты будут представлены должным образом.44 Юлий III запретил рассматривать эти предложения. Собор проголосовал за то, чтобы отложить их рассмотрение до 19 марта, когда ожидалось прибытие дополнительных протестантских делегатов.
Во время этой задержки военные события наложились на теологические. В январе 1552 года король Франции подписал союз с немецкими протестантами; в марте Морис Саксонский двинулся на Инсбрук; Карл бежал, и никакие силы не могли помешать Морису, если бы он захотел, захватить Трент и проглотить Собор. Епископы один за другим исчезали, и 28 апреля Собор был формально приостановлен. По договору в Пассау (2 августа) Фердинанд уступил религиозную свободу воинственно настроенным протестантам, одержавшим победу. Они больше не проявляли интереса к Собору.
Павел IV счел благоразумным оставить Собор в спячке на время своего понтификата. Пий IV, добродушный старик, играл с мыслью, что предоставление причастия в обоих видах может умиротворить протестантов, как это было сделано с богемцами. Он созвал Собор в Тренте 6 апреля 1561 года и пригласил на него всех христианских князей, католиков и протестантов. На новую сессию французские делегаты привезли внушительный список реформ, которых они желали: Месса на жаргоне, причастие в хлебе и вине, брак священников, подчинение папства Генеральным советам и прекращение системы папских диспенсаций и исключений;45 Очевидно, французское правительство в данный момент находилось в полугугенотском настроении. Фердинанд I, теперь уже император, поддержал эти предложения и добавил, что "папа .... должен смириться и подчиниться реформе своей персоны, своего государства и курии"; легенды о святых должны быть очищены от абсурда, а монастыри должны быть реформированы, "чтобы их огромные богатства больше не расходовались столь расточительно". 46 Положение Пия было опасным, и его легаты с некоторым трепетом ожидали открытия сессии,
После неспешных или стратегических задержек семнадцатая сессия Собора собралась 18 января 1562 года, на ней присутствовали пять кардиналов, три патриарха, одиннадцать архиепископов, девяносто епископов, четыре генерала, четыре аббата и множество светских представителей католических князей. По просьбе Фердинанда любому протестантскому делегату, который пожелает присутствовать, была предложена конспирация; никто из них не пришел. Архиепископ Гранады и Карл, кардинал Лотарингии, возглавили движение за сокращение прерогатив папы, утверждая, что епископы получают свою власть не через него, а по прямому "божественному праву"; а епископ Сеговии повторил одну из ересей Лютера, отрицая, что папа был верховным над другими епископами в ранней Церкви.47 Это епископское восстание было подавлено благодаря парламентскому мастерству папских легатов, лояльности итальянских и польских епископов по отношению к папе и некоторым своевременным папским любезностям по отношению к кардиналу Лотарингии. В итоге папская власть была не ослаблена, а усилена, и каждый епископ должен был принести клятву о полном повиновении папе. Фердинанда успокоили обещанием, что по окончании Собора Папа разрешит совершать Евхаристию в обоих видах.