В мае 1546 года Павел отправил двух иезуитов, Лейнеса и Сальмерона, помогать своим легатам в вопросах теологии и защиты папства; позже к ним присоединились Петр Канизий и Клод Ле Джей. Непревзойденная эрудиция иезуитов вскоре обеспечила им первостепенное влияние в дебатах, а их непреклонная ортодоксальность побудила Собор объявить войну идеям Реформации, а не искать примирения или единства. По всей видимости, большинство решило, что никакие уступки протестантам не помогут излечить раскол; что протестантские секты уже настолько многочисленны и разнообразны, что никакой компромисс не сможет удовлетворить одних, не оскорбив других; что любое существенное изменение традиционных догм ослабит всю доктринальную структуру и стабильность католицизма; Что принятие священнических полномочий мирянами подорвет моральный авторитет священства и Церкви, а этот авторитет необходим для социального порядка, и что богословие, откровенно основанное на вере, заглохнет, подчинившись причудам индивидуальных рассуждений. Поэтому четвертая сессия Собора (апрель 1546 года) подтвердила каждый пункт Никейского Символа веры, заявила о равном авторитете церковного предания и Писания, предоставила Церкви исключительное право толковать Библию и объявила латинскую Вульгату Иеронима окончательным переводом и текстом. Фома Аквинский был назван авторитетным выразителем ортодоксального богословия, а его "Сумма теологии" была помещена на алтарь ниже Библии и Декреталий.39 Католицизм как религия непогрешимого авторитета берет свое начало с Тридентского собора и сформировался как бескомпромиссный ответ на вызов протестантизма, рационализма и частного суждения. "Джентльменское соглашение" церкви эпохи Возрождения с интеллектуальными классами подошло к концу.
Но если вера так важна, достаточно ли ее самой по себе, чтобы заслужить спасение, как утверждал Лютер? На пятой сессии (июнь 1546 года) по этому поводу велись бурные дебаты; один епископ схватил другого за бороду и вырвал горсть белых волос; услышав это, император послал Собору весточку, что если он не успокоится, то пусть бросит нескольких прелатов в Адидже, чтобы остудить их.40 Реджинальд Поул отстаивал взгляды, столь опасно близкие к взглядам Лютера, что кардинал Караффа (будущий Павел IV) заклеймил его как еретика; Поул удалился с битвы в Падую и под предлогом болезни отстранился от дальнейшего участия в Соборе.41 Кардинал Серипандо отстаивал компромиссную формулу, которую Контарини, ныне покойный, предложил в Ратисбоне; но Лейнес убедил Собор подчеркнуть, в полную противоположность Лютеру, важность добрых дел и свободы воли.
Меры по церковной реформе продвигались менее активно, чем определения догматов. Епископ Святого Марка открыл заседание 6 января 1546 года, нарисовав мрачную картину царящей в мире коррупции, которую, по его мнению, потомки никогда не превзойдут, и приписал это вырождение "исключительно нечестию пасторов"; лютеранская ересь, по его словам, была вызвана в основном грехами духовенства, и реформа духовенства - лучший способ подавить мятеж.42 Но единственной существенной реформой, проведенной на этих первых сессиях, был запрет епископам проживать вдали от своих кафедр или занимать более одной. Собор предложил папе, чтобы реформа Датария перешла от теоретических рекомендаций к реальным директивам. Павел, однако, пожелал, чтобы вопросы реформы остались в ведении папства; и когда император настоял на большей скорости обсуждения реформы на конференции, папа приказал своим легатам предложить перенести Собор в Болонью, которая, будучи в папских государствах, позволила бы более оперативно контролировать концилиарные действия со стороны Рима. Итальянские епископы согласились; испанские и императорские прелаты выразили протест; в Тренте, как нельзя кстати, появилась чума и убила одного епископа; итальянское большинство переехало в Болонью (март 1547 года); остальные остались в Тренте. Карл отказался признать болонские заседания и пригрозил созвать отдельный собор в Германии. После двух лет споров и маневров Павел уступил и приостановил работу Болонской ассамблеи (сентябрь 1549 года).
Ситуация разрядилась после смерти Павла. Юлий III пришел к соглашению с императором: в обмен на обещание Карла не поддерживать любые меры, которые могли бы уменьшить папскую власть, он созвал Собор в Тренте в мае 1551 года и согласился, чтобы лютеране были выслушаны. Генрих II Французский, возмущенный этим сближением между папой и императором, отказался признать Собор. Когда Собор собрался, на нем присутствовало так мало людей, что он был вынужден прерваться. Он собрался вновь 1 сентября в составе восьми архиепископов, тридцати шести епископов, трех аббатов, пяти генералов, сорока восьми богословов, курфюрста Иоахима II Бранденбургского и послов от Карла и Фердинанда.