Новый король, воспитанный в старом феодальном и социальном укладе страны и затерянный в Лондоне купцов и пуритан, был до крайности обеспокоен разнообразием и интенсивностью религиозных верований. Право на индивидуальное суждение, которое проповедовало каждое новое мнение, пока не приходило к власти, в сочетании с распространением Библии способствовало разнообразию сект. Один памфлетист (1641) перечислил двадцать девять, другой (1646) - 180. Помимо раскола между католиками и протестантами, существовало напряженное разделение протестантов на англикан, пресвитериан и пуритан, а пуритан - на индепендентов, мечтавших о республике, квакеров, выступавших против войны, насилия и клятв, Милленарианцы, или люди Пятой монархии, которые верили, что Иисус скоро придет, чтобы установить свое личное правление на земле, антиномийцы, утверждавшие, что избранные Богом освобождаются от человеческих законов, и браунисты-сепаратисты, и искатели, и разглагольствователи. Один из членов парламента жаловался, что "механические люди" (ремесленники) занимают кафедры и проповедуют свои собственные горячие марки веры, многие из которых облекают экономические или политические требования в тексты Писания. Были и анабаптисты, которые принимали крещение только у взрослых, и баптисты, отделившиеся от сепаратистов (1606) и разделившиеся (1633) на генеральных баптистов, отвергающих и партикулярных баптистов, принимающих кальвинистскую доктрину предопределения.
Размножение сект и их ожесточенные споры привели к тому, что небольшое меньшинство стало сомневаться во всех формах христианства. Епископ Фотерби скорбел (1622 г.), что "Писание (для многих) потеряло свой авторитет и считается пригодным только для невежд и идиотов".55 А преподобный Джеймс Крэнфорд (1646 г.) говорил о "множестве людей", которые "изменили свою веру либо на скептицизм... либо на атеизм, чтобы ни во что не верить "6.6 Памфлет под названием Hell Broke Loose: A Catalogue of the Many Spreading Errors, Heresies, and Blasphemies of These Times" (1646) в качестве первой ереси называлось мнение, "что Писание, будь то подлинный манускрипт [аутентичный текст] или нет... является лишь человеческим [рукотворным] и не способно открыть [раскрыть] божественного Бога".7 Другая ересь провозглашала, что "правильный Разум является правилом Веры, и ... мы должны верить Писанию и доктринам Троицы, Воплощения и Воскресения настолько, насколько мы видим их согласными с разумом, и не далее".8 Многие сомневающиеся отрицали ад и божественность Христа. Все большее число мыслителей, которых стали называть деистами, пытались найти компромисс между скептицизмом и религией, предлагая христианство, ограниченное верой в Бога и бессмертие. Эдвард, лорд Герберт из Чербери, придал этому философскую формулировку в замечательном эссе об истине "De veritate" (1624). Истина, сказал Герберт, не зависит от Писания и не может быть установлена церковью или каким-либо другим авторитетом. Лучшее испытание истины - всеобщее согласие. Следовательно, самая мудрая религия будет "естественной", а не явленной, и ограничится доктринами, общепринятыми в различных вероисповеданиях: что существует Высшее Существо, что Ему следует поклоняться, прежде всего, добродетельной жизнью, и что хорошее поведение будет вознаграждено, а плохое - наказано, либо здесь, либо в жизни будущей. Герберт, по словам Обри, умер "безмятежно", после того как ему было отказано в причастии.9
Парламент был больше обеспокоен католицизмом, чем ересью. В 1634 году католики в Англии составляли, вероятно, четверть населения,10 и, несмотря на все законы и опасности, там все еще оставалось около 335 иезуитов.11 Знатные вельможи приняли старую веру. Джордж Калверт, лорд Балтимор, объявил о своем обращении в 1625 году; в 1632 году Чарльз выдал ему хартию на основание колонии, которая стала Мэрилендом. Католическая королева Генриетта Мария отправила эмиссара в Рим (1633 г.), чтобы выпросить кардинальскую шапку для британского подданного. Англиканский король предложил разрешить католическому епископу жить в Англии, если Урбан VIII поддержит план Карла по заключению некоторых дипломатических браков (1634); Папа отказался. Католики призывали к религиозной терпимости, но парламент, помня о нетерпимости католиков, резне святого Варфоломея и Пороховом заговоре и не желая рисковать расследованием протестантских прав на некогда католическую собственность, вместо этого потребовал полного исполнения антикатолических законов. Сильные настроения "против поповства", особенно среди дворянства и среднего класса, противостояли как притоку католических священников в Англию, так и растущему сближению англиканских ритуалов и мыслей с католическими.