Подобно английскому Ричарду III, Борис более успешно правил в качестве регента, чем впоследствии на троне. Несмотря на отсутствие формального образования и, возможно, неграмотность, он обладал проницательными способностями и, похоже, искренне трудился над решением проблем русской жизни. Он реформировал внутреннюю администрацию, пресекал продажность судей, благоволил к низшим и средним классам, занимался общественными работами, чтобы дать работу городской бедноте, смягчил участь и подати крепостных и, как пишет современная летопись, был "любим всеми людьми".47 Он пользовался уважением и доверием иностранных держав.48 Когда умер царь Федор I (1598 г.), Земский собор, или народное собрание, единодушно предложил Годунову принять корону. Он принял его с уклончивыми заявлениями о недостоинстве, но есть подозрения, что собрание было подготовлено его агентами. Несколько дворян, возмущенных его защитой простонародья,49 оспаривали его право на престол и составили заговор с целью его низложения. Борис заключил некоторых в тюрьму, некоторых сослал, а Федора Романова (отца первого царя Романова) заставил стать монахом. Несколько человек из побежденной группы умерли так удобно для Бориса, что его обвинили в их убийстве. Живя теперь в подозрениях и страхе, он повсюду расставлял шпионов, высылал подозреваемых, конфисковывал их имущество, предавал смерти мужчин и женщин. Его ранняя популярность угасла, а неурожай 1600-04 гг. оставил его без поддержки голодающего населения против продолжающихся интриг дворянства.
Одна интрига стала знаменитой в истории, литературе и музыке. В 1603 году в Польше появился молодой человек, утверждавший, что он - якобы умерший Дмитрий, законный наследник престола Федора Ивановича. Борис, имея на то веские основания,50 опознал в нем Гришку Отрепьева, непостриженного монаха, состоявшего на службе у семьи Романовых. Поляки, опасавшиеся расширения России, были рады обнаружить в своей среде претендента на корону Московии; они еще больше обрадовались, когда "Дмитрий" женился на польской девушке и присоединился к римской церкви. Король Сигизмунд III, только что подписавший (1602) перемирие с Россией на двадцать лет, потворствовал тому, что Дмитрий набирал польских волонтеров. Иезуиты горячо поддержали дело претендента. В октябре 1604 года Дмитрий переправился через Днепр с четырьмя тысячами человек, среди которых были русские изгнанники, немецкие наемники и польские рыцари. Русские дворяне, исповедуя нейтралитет, оказывали ему тайную поддержку; беглые крестьяне присоединялись к наступающим; голодный народ, жаждавший быть обманутым, принял нового Дмитрия на слово и нес его знамя как символ монархической легитимности и своих отчаянных надежд. Пока кричащая, молящаяся толпа двигалась на Москву с запада, казаки, всегда готовые к бою, бросились на нее с юга. Движение переросло в революцию.
Расценив это как польское вторжение, Борис направил свою армию на запад. Оно разгромило отряд Дмитрия, но пропустило остальных. В своих кремлевских покоях Годунов не получал никаких известий, кроме как о разбухающей и наступающей толпе, о распространяющемся недовольстве, о тостах, поднимаемых боярами даже в Москве за здоровье Дмитрия, которого они возвещали народу как святого царевича, избранного Богом в цари. Внезапно, после сомнений и мук, известных скорее Пушкину и Мусоргскому, чем истории, Борис умер (13 апреля 1605 года). Он поручил своего сына Федора заботам патриарха Басманова и бояр; но священник и вельможи перешли на сторону претендента. Сын и вдова Годунова были убиты, а "Лжедмитрий" в исступлении народного экстаза был провозглашен и коронован царем всея Руси.
3. "Смутное время": 1605-13