Столь разделенная в теологии, Германия перед Тридцатилетней войной не представляла собой простой религиозной карты. В основном север был протестантским, юг и Рейнская область - католическими; но, поскольку Аугсбургский принцип не мог быть тщательно или поспешно проведен в жизнь, в католических областях было много протестантов, а в протестантских - много католиков. Католики обладали преимуществами традиции и единства; протестанты пользовались большей свободой вероисповедания и разделились на лютеран, кальвинистов, анабаптистов и унитариев; даже среди лютеран шла война вероучений между последователями и противниками либерального Меланхтона. В 1577 году лютеране сформулировали свою веру в Книге согласия, после чего кальвинисты были изгнаны из лютеранских земель. В Пфальце курфюрст Фридрих III благоволил кальвинизму и сделал Гейдельбергский университет семинарией для кальвинистской молодежи. Там в 1563 году кальвинистские богословы составили Гейдельбергский катехизис, который шокировал как католиков, так и лютеран тем, что отвергал реальное присутствие Христа в вине и хлебе Евхаристии. В Пфальце католиков терпели, если они ограничивали свои богослужения домами; унитариев же подавляли насильно. В 1570 году по настоянию кальвинистских профессоров Гейдельбергского университета были преданы смерти два человека, которые ставили под сомнение или ограничивали божественность Христа. Сын Фредерика, курфюрст Левис, предпочитал и насаждал лютеранство; брат Левиса Иоанн Казимир, будучи регентом (1583-92), предпочитал и насаждал кальвинизм; курфюрст Фредерик IV (1592-1610) подтвердил эту политику. Его сын Фридрих V (1610-23) женился на Елизавете Стюарт (дочери Якова I Английского), претендовал на трон Богемии и спровоцировал Тридцатилетнюю войну.
Борьба между лютеранами и кальвинистами была столь же ожесточенной, как и между протестантами и католиками, и она нанесла ущерб протестантскому сотрудничеству во время войны, поскольку каждое чередование ролей между гонителями и преследуемыми оставляло наследие ненависти. В 1585 году граф Вольфганг Изенбург-Роннебургский удалил всех лютеранских чиновников на своей территории и поставил на их место кальвинистов; в 1598 году его брат и преемник, граф Генрих, сообщил кальвинистским проповедникам, что они должны покинуть город в течение нескольких недель, несмотря на ветреную погоду; в 1601 году граф Вольфганг Эрнест стал преемником правительства, изгнал лютеранских проповедников и восстановил кальвинизм. Аналогичные замены лютеран на кальвинистов произошли в Анхальте (1595), Ханау (1596) и Липпе (1600). В Восточной Пруссии Иоганн Функ, обвиненный в кальвинистских взглядах, был предан смерти на рынке Кенигсберга среди народного ликования (1566).39 Канцлер Николас Крелль был обезглавлен в Дрездене (1601 г.) за изменение лютеранского ритуала в кальвинистском направлении и поддержку французских гугенотов.40 В 1604 году ландграф Мауриц Гессен-Кассельский принял кальвинизм; в 1605 году он ввел его в действие там и в Верхнем Гессене; его войска отбили сопротивляющуюся толпу лютеран и снесли религиозные изображения в церквях; проповедники, не желавшие переходить от лютеранства к кальвинизму, были изгнаны.41 В курфюршестве Бранденбург лютеране и кальвинисты яростно спорили о том, был ли освященный Храм на самом деле Христом; в конце концов правительство постановило, что кальвинизм является истинной религией (1613 f.42
Среди этих колебаний истины то, что Меланхтон назвал rabies theologorum, бушевало так, как редко бывало до или после него в истории. Лютеранский пастор Нивандер (1582 г.) перечислил сорок признаков волков и показал, что именно они являются отличительными чертами кальвинистов. Он описал ужасную смерть ведущих антилютеран; Цвингли, по его словам, пав в бою, "был разрублен на ремни, и солдаты использовали его жир - он был полным человеком - для смазки своих сапог и ботинок".43 В лютеранском памфлете 1590 года говорилось: "Если кто-то хочет, чтобы ему в нескольких словах объяснили, по каким статьям веры мы сражаемся с дьявольским кальвинистским выводком гадюк, то ответ таков: по всем и каждому из них... ибо они не христиане, а только крещеные евреи и магометане".44 На Франкфуртской ярмарке, писал Станислаус Ресций (1592), "мы уже несколько лет замечаем, что книг, написанных протестантами против протестантов, в три раза больше, чем книг протестантов против католиков".45"Эти яростные богословы, - скорбел один протестантский писатель в 1610 году, - настолько усугубили и усилили пагубные распри между христианами, отделившимися от папства, что, кажется, нет никакой надежды на то, что все эти крики, клеветы, оскорбления, проклятия, анафематствования и т. д. прекратятся до наступления Последнего дня".46