Теперь глубочайшее разделение происходило между теми, кто ценил религиозную веру как последнюю опору в мире, который в остальном непонятен, бессмыслен и трагичен, и теми, кто считал религию управляемым и дорогостоящим суеверием, преграждающим путь к разуму и свободе. Это разделение было наиболее глубоким в Вандее - прибрежной Франции между Луарой и Ла-Рошелью, где унылая погода, каменистая, засушливая почва, повторяющаяся траектория рождений и смертей сделали население почти невосприимчивым к остроумию Вольтера и ветрам Просвещения. Горожане и крестьяне приняли революцию; но когда Учредительное собрание обнародовало Гражданскую конституцию духовенства, конфисковав имущество церкви, сделав всех священников государственными служащими и потребовав от них присягнуть на верность режиму, который их остриг, крестьяне поддержали своих священников, отказавшись дать согласие. Призыв к молодежи идти добровольцами или быть призванными в армию поджег восстание: почему эти мальчишки должны отдавать свои жизни для защиты неверного правительства, а не своих священников, алтарей и домашних богов?
Так, 4 марта 1793 года в Вандее вспыхнули беспорядки; через девять дней они охватили весь регион; к 1 мая под ружьем было уже тридцать тысяч повстанцев. Несколько роялистских дворян присоединились к сельским вождям, чтобы превратить новобранцев в дисциплинированные войска; прежде чем Конвент осознал их силу, они взяли Туар, Фонтене, Сомюр, Анжер. В августе Комитет общественной безопасности направил в Вандею армию под командованием генерала Клебера с инструкциями уничтожить крестьянские силы и опустошить все поддерживающие их регионы. 17 октября Клебер разбил католическую армию при Шоле, а 23 декабря разгромил ее при Савене. В Анже, Нанте, Ренне и Туре были созданы военные комиссии из Парижа с приказом предавать смерти всех вандейцев, носящих оружие; в Анже или его окрестностях за двадцать дней было расстреляно 463 человека. Прежде чем вандейцы были усмирены маршалом Хоше (июль 1796 года), в этой новой религиозной войне погибло полмиллиона человек.
В Париже большая часть населения стала равнодушна к религии. В этом отношении между Горой и Жирондой существовало хрупкое согласие; они объединились, чтобы уменьшить власть духовенства и установить языческий календарь. Они поощряли браки священников, вплоть до депортации любого епископа, который пытался этому воспрепятствовать. Под защитой революции около двух тысяч священников и пятисот монахинь приняли браки.85
Представители Комитета по делам миссий обычно делали дехристианизацию особым элементом своей процедуры. Один из них приказал посадить священника в тюрьму, пока тот не женится. В Невере Фуше издал строгие правила для духовенства: они должны были жениться, жить просто, как апостолы, не носить священническую одежду и не совершать религиозных обрядов вне своих церквей; христианские похоронные службы были отменены, а на кладбищах должна была появиться надпись о том, что "смерть - это вечный сон". Он убедил архиепископа и тридцать священников сбросить свои капоты и надеть красные шапочки революции. В Мулене он ехал во главе процессии, в которой разбивал все кресты, распятия и религиозные изображения по пути.86 В Клермон-Ферране Кутон провозгласил, что религия Христа превратилась в финансовое мошенничество. Наняв врача для проведения опытов перед публикой, он показал, что "кровь Христа" в чудотворной пиале - всего лишь подкрашенный скипидар. Он прекратил государственную оплату священников, конфисковал золотые и серебряные сосуды церквей и объявил, что церкви , которые не могут быть преобразованы в школы, могут быть с его разрешения снесены для строительства домов для бедных. Он провозгласил новую теологию, в которой природа будет Богом, а рай - земной утопией, в которой все люди будут хорошими.87