Первая трудность вытекала из общей системной проблемы, которая служит лейтмотивом данного исследования, а именно: противоречия в государственном строительстве мультикультурной империи между местными традициями и централизаторскими практиками. Вторая трудность, также системная, но характерная для Российской империи, заключалась в множественности источников институциональной власти. Как мы уже видели, министерские реформы Александра I увеличили количество конкурирующих форм имперского правления, не рационализировав при этом систему подчинения.
В начале 1820-х годов вновь назначенный генерал-губернатор Новой России и наместник Бессарабии М. С. Воронцов и гражданский губернатор Бессарабии Ф. Ф. Вигель были потрясены хаотичной обстановкой в губернии и развращенными нравами местных бояр, которых они воспринимали через призму восточного мировоззрения. Воронцов энергично проводил политику колонизации южной части губернии сербами, казаками и государственными крестьянами, отдавая предпочтение их интересам перед интересами местных бояр. Совместно с Министерством внутренних дел он добивался замены Устава 1818 года, резкого сокращения автономных учреждений губернии, а также способствовал включению бояр в состав российского дворянства.
В этот период российская администрация княжеств под просвещенным правлением графа Павла Киселева заменила модель османского императорского правления. Киселев принадлежал к тому блестящему поколению русских военных, ветеранов наполеоновских кампаний, которые впоследствии разделились на два политических течения: одно привело к восстанию декабристов, а другое - к административной реформе. Киселев был тесно связан с будущими лидерами декабристов и разделял их гуманитарные и рациональные взгляды на управление, но не их революционные взгляды и заговорщические планы. Его послевоенная реформа дезорганизованной Второй армии на юго-западной границе заслужила одобрение Александра. Его умелое командование оккупационными войсками в княжествах во время русско-турецкой войны 1828/9 гг. убедило Николая назначить его полномочным президентом княжеств, с полной гражданской и военной властью, которую он занимал в течение шести лет.
Киселев был ответственен за проведение ряда реформ, которые объединили административные и социальные функции упорядоченного полицейского государства (Politzeistaat) с созданием новых политических институтов. Органический устав 1829 года предусматривал создание выборного собрания, в котором доминировали бы большие бояре, которые, в свою очередь, избирали бы пожизненно двух князей Молдавии и Валахии и делили с ними власть. Киселев установил закон и порядок с помощью обученной в России полиции. Он заменил архаичные правила, регулирующие торговлю и налогообложение, и поощрял торговлю и промышленность. Устав также регулировал отношения между боярами и их крестьянами и послужил образцом для его реформ российского государственного крестьянства в последующее десятилетие.
Дальнейшая политика России была направлена на то, чтобы резче очертить границу между княжествами и османским "Востоком", установив карантинную линию на Дунае. Согласно царским инструкциям, карантин должен был служить не только для борьбы с распространением чумы, но и для затруднения коммуникаций между Османской империей и княжествами. Хотя османский султан сохранял номинальный суверенитет над княжествами, фактически они стали совместным османско-русским кондоминиумом. Присутствие русских советников, наличие русской партии среди бояр и российские гарантии политического порядка задавали тон жизни в княжествах в течение последующих двадцати лет, пока общеевропейские революции 1848 года не достигли Дуная.
По форме и функциям политика Киселева продолжала и расширяла российские административные эксперименты, введенные Александром I на западных пограничных территориях. Однако вскоре в российской правящей элите возникли разногласия по поводу долгосрочных целей российской политики в княжествах, что подстегнуло общие дебаты по поводу имперской стратегии в пограничных районах. Николай I и его советники преследовали две цели. Во-первых, они стремились гарантировать будущее российское влияние, предоставляя местным боярским элитам привилегии, которыми они не пользовались при Османах. Во-вторых, они поддерживали баланс между властью князей (хосподаров) и бояр, позволяя русским через посредство их консулов вмешиваться в местную политику. Язык реформ был призван представить европейское лицо России и уверить великие державы в том, что русские администраторы являются культуртрегерами просвещенного правительства в его камералистской форме. Но у Киселева были и более амбициозные цели. Здесь он разошелся с министром иностранных дел России графом Нессельроде.