Ослабление центральной власти и рост незащищенности в сельской местности на протяжении XVII века привели к различным формам крестьянского сопротивления, начиная от подделки феодальных документов и отказа от уплаты налогов и заканчивая массовым разбоем и бандитизмом. Традиционное разделение на аскери и рея начало разрушаться. Разделение никогда не было жестким, но к началу XVII века правительство все чаще закрывало глаза на привлечение в вооруженные силы лиц, не являющихся владельцами тимаров. Добровольцы набирались из самых разных социальных категорий. К концу XVI века они, возможно, составляли уже до 20 процентов вооруженных сил. Использование новых источников живой силы показало, что тимарно-янычарская структура не в состоянии обеспечить достаточное количество людей для обороны и продвижения на фронтир. Стремление правительства размыть социальное ядро армии вызвало недовольство некоторых придворных наблюдателей, один из которых выразил протест: "Реайя запрещено опоясываться мечом и садиться на коня". Использование добровольцев создавало и другие проблемы. Невыполнение обещаний вознаграждения в виде пребенд (тимаров) в условиях жесткой конкуренции за ограниченные ресурсы и демобилизации после военных кампаний вызывало ожесточение и часто приводило к формированию вооруженных банд из опытных солдат, которые бродили по сельской местности.
В одном из ранних отчетов 1636 года говорится о том, что крестьяне из района Битольи ушли в горы, чтобы присоединиться к бандитским шайкам (хайдукам), которые поддерживали их отказ поставлять провиант для османской армии в Венгрии. Хайдуки существовали на всех этапах османского правления, но к XVII веку их банды были широко распространены на Балканах, хотя они группировались в таких регионах, как Македония, где рельеф местности и наличие больших чифтликов создавали подходящие условия. В годы военной активности Османской империи, когда налоговое бремя увеличивалось, а местные гарнизоны отправлялись на фронт, их деятельность усиливалась в ответ на централизацию. Хайдуки часто сотрудничали с иностранными армиями, особенно во время габсбургско-османских войн (1586-1606 и 1683-1699), когда их преследования линий снабжения и нападения на изолированные османские посты принимали характер полномасштабной партизанской войны. Массовые вспышки насилия и восстания, направленные на свержение османской власти, происходили реже и не имели успеха из-за недостатка оружия, опыта и организации.
Отступление Османской империи вдоль северных границ оставило более длительное наследие контрибуции и насилия, чем, скажем, изгнание арабов с Пиренейского полуострова. Различия заключаются в относительно поздней хронологии, ослабленном и неравномерном темпе и незавершенном характере отступления. В начале-середине XIX века традиционные формы социального сопротивления и протеста - крестьянские восстания, религиозные столкновения, массовые волнения - постепенно переросли в движения за национальную независимость. Они распространились отчасти под влиянием Запада, а отчасти благодаря признанию местными интеллектуалами их эффективности в мобилизации населения против иностранного гнета. Здесь необходимо высказать несколько предостережений. Националистические историки государств-преемников склонны преувеличивать масштабы этих движений, зачастую воспринимая стремление к автономии как провозглашение независимости.
Очевидный упадок центра власти в определенной степени компенсировался тем, что Альберт Хурани назвал "политикой знати". С упадком системы тимаров и возникновением натурального хозяйства в середине и конце XVII века произошли серьезные изменения в административно-кастовых основах Османского государства. На смену денежной системе постепенно пришла монетная. Сбор налогов был передан местной знати, в том числе бывшим сипахи, поселившимся в городах, уламе, купцам и ростовщикам. Местная элита, владевшая землей на правах наследственного владения (чифтлики), стала параллельным центром власти, ответственным за рекрутирование, обучение и социализацию рабочей силы для государственной службы. Организованные в домохозяйства, они создавали патронажные сети, способствовавшие продвижению по службе в государственной бюрократии. Эти две группы нашли общий язык в поддержке друг друга и постепенно слились.
В разных провинциях мультикультурной Османской империи характеристики знати различались. Например, в автономных княжествах Молдавии и Валахии фанариоты, эллинизированная православная элита с корнями в стамбульском районе Фанар, служили правящей элитой с конца XVII века до греческого восстания 1821 года. На местном уровне они поддерживали свое положение за счет браков с румынскими боярскими семьями, а в Стамбуле - за счет проникновения в патронажные сети, основанные на институте драгоманы (посредники в отношениях с европейскими державами и военными институтами).