Для установления порядка и кооптации местной элиты Цин создали центральный бюрократический орган - Лифань Юань, который иногда переводится как "колониальное управление", но более правильно, по словам Ди Космо, - "суд для управления внешними провинциями". Состоявший исключительно из маньчжурских и монгольских чиновников и исключавший ханьцев, его правила и функции постепенно расширялись по мере углубления Цин во Внутреннюю Азию. Функционируя как второй уровень администрации на местном уровне, императорские резиденты, часто солдаты, назначались для управления гражданскими и военными делами. Со временем добавился еще один слой "пограничных специалистов". В рамках этой системы административные структуры Монголии и Синьцзяна различались, что отражалось на взаимоотношениях местных жителей с центром власти.
Монголы были союзниками маньчжуров еще до завоевания и добровольно подчинились их императорскому правлению. Поэтому Цин не стали устанавливать в Монголии военную оккупацию, а предоставили родам и племенам определенную степень самоуправления под свободным надзором китайских чиновников. Наследственные князья правили монгольскими знаменами. Они приносили клятвы верности династии в обмен на земельные пожалования и субсидии из Пекина. Цинские императоры присваивали титулы представителям монгольской кочевой знати.
Цинский кодекс обычного права включил монгольское обычное право в монгольский свод законов, но затем привел его в соответствие со стандартизированной и бюрократической практикой китайских правовых институтов.
После завоевания Синьцзяна роль армии менялась в зависимости от региональных особенностей расселения. Цин также изменили традиционный образ жизни скотоводческих народов в приграничных районах. Они набирали охотничьи и шинковочные народы севера в знамена для размещения гарнизонов, защищавших северо-восток от русских. Они закрепили за племенами пастбищные земли и организовали их в знамена.
Цинская элита признала необходимость реорганизации имперских финансов и увеличения доходов в свете того, что династия Мин была ослаблена экономическими недостатками, которые подрывали ее военные усилия по подавлению внутренних восстаний и отражению вторжений из Внутренней Азии. Цинские администраторы централизовали сбор налогов, ужесточили налоговое регулирование, задействовали Тайный кошелек и ввели имперские монополии на предметы массового потребления, такие как соль, и на дорогие товары, такие как женьшень и ювелирные изделия. Без этих ресурсов великое территориальное расширение государства было бы невозможно. Тем не менее, приграничные районы, такие как Синьцзян, истощали имперские ресурсы, несмотря на все усилия правительства поощрять торговлю как основу самодостаточности. Очевидно, что главная цель Цин на внешних территориях была стратегической, а не экономической.
Проблема упадка
В ретроспективе падение могущества Цин с пика, достигнутого в конце XVIII века, кажется стремительным. Было предложено несколько объяснений неспособности Цин противостоять западному проникновению во время кризиса середины века, начавшегося с Опиумных войн. Джон К. Фэйрбэнк и его школа объясняют эту неудачу жесткостью конфуцианских идеологов, которые поставили Китай в центр мирового порядка и разработали систему дани как главную стратегию борьбы с варварами. В настоящее время больше внимания уделяется разрушительным последствиям крупномасштабных внутренних восстаний, особенно "Белого лотоса" в 1770-х годах и многочисленные мусульманские восстания в 1780-х годах. В первой половине XIX века династию потрясли четыре великих восстания, два из которых, Тайпинское (1851-1864) и Няньское (1851-1868), угрожали ее свержением. Хотя социальные волнения объяснялись многими причинами, восставших львов в Китае часто отличали от восставших в Габсбургской, Османской, Российской и Иранской империях по их тысячелетнему характеру. Растущие трудности правящей элиты в борьбе с быстро растущим населением и социальными недовольствами усугублялись проблемой опиумной наркомании и давлением англичан, защищавших опиумную торговлю. В первом столкновении Китая с Западом он потерпел унизительное поражение от англичан в Опиумной войне 1839-1842 годов.