Возглавил восстание против Габсбургов, чем оказал значительную помощь османским войскам. Избранный местным советом князем, его титул был закреплен мирным договором 1606 года. Его сменил ряд способных князей, среди которых был Габор Бетлен, выдающийся пример государственного деятеля пограничных земель. Известный как "венгерский Макиавелли", он обуздал непокорных хайдуков, поддержавших восстание против Габсбургов, улучшил разрушенную экономику страны и основал двор, отличавшийся ренессансным великолепием. Его участие в Тридцатилетней войне против Габсбургов продемонстрировало его мастерство в международной политике в опасном регионе Европы. Его преемник, Дьёрдь I Ракоци, осторожно продолжал его политику, подавляя наиболее экстремальные протестантские секты и не втягиваясь в крестовый поход против католической Европы. Он выбрал момент, чтобы выступить на стороне Габсбургов в конце Тридцатилетней войны, и добился международного признания Трансильвании, подписав Вестфальский мир в 1648 году. Успехи трансильванских князей разделили мнения среди нобилитета королевской Венгрии. Большинство рассматривало Трансильванию как форпост Османской империи, меньшинство - как ядро единой и независимой Венгрии. В долгосрочной перспективе Трансильвании не хватало ресурсов для завершения крупного проекта государственного строительства. Пытаясь сделать это по воле польской короны, Дьёрдь II Ракоци стал жертвой "имперского перенапряжения". Османы, наслаждавшиеся одним из своих периодических возрождений под руководством великого визиря Мехмеда Кёпрюлю, напали с тыла и опустошили страну, покончив с независимостью Трансильвании и превратив ее в марионеточное государство, в то время как император Габсбургов Леопольд I пассивно наблюдал за происходящим с удовлетворением.
После последнего победоносного османского вторжения в Венгрию, завершившегося в 1664 году Вазварским договором, венгерские дворяне под властью Габсбургов восстали против централизованного управления и тяжелых налогов. Они обратились за защитой к Османской империи, которая признала бы их автономию. В 1670-х годах они начали восстания вдоль османо-габсбургской границы, отстаивая права и привилегии дворянского сословия, хотя их призывы звучали в риторике, обращенной ко всему обществу. В итоге так называемые восстания куруков не смогли решить социальные и экономические проблемы крепостных крестьян, и до национального освобождения им было далеко.
Тем не менее, возглавляемые харизматичным графом Имре Тёкёли, куруки добились ряда успехов в этой области, убедив султана Мехмеда IV в том, что при их поддержке они могут окончательно сломить власть Габсбургов. Однако Тёкёли, как и румынские хосподары, предпочитал держать свои возможности открытыми, пока ситуация оставалась неясной. Он не присоединился к османам в последней кампании на дунайской границе. Осада Вены провалилась, что привело к стремительному выводу османских войск из Венгрии и включению всей страны, включая Трансильванию, в состав империи Габсбургов. После этого габсбургские войска разгромили войска Тёкёли. Но дух куруча сохранился в XVIII веке.
Войны семнадцатого века были очень разрушительными. Искореняя местное население, они запускали череду вынужденных миграций. Модель демографической дезинтеграции на данубийском фронтире уже была установлена в конце XII века, когда сербские овцеводы воспрепятствовали продвижению османов в Венгрию, где Матьяш Корвин предоставил им религиозную терпимость. С тех пор типичная пограничная модель набегов и торговли на открытых равнинах стала образом жизни. На боковых сторонах возникло пограничное общество, основанное на коморской системе и нечеткой, но ясной социальной иерархии. Но обезлюдение центральных дунайских земель и Трансильвании продолжалось во время Пятнадцатилетней войны (1592-1606), во время венгерской фазы Тридцатилетней войны и во время последней великой османской кампании в Венгрии в 1657-1664 годах. Наконец, в разгар Великой габсбургско-османской войны 1683-1699 годов православный патриарх Арсений Камоевич вывел 30 000 сербских семей из Косово в южную Венгрию - эпопея, вошедшая в сербскую историю как "Великое переселение". В результате этих вынужденных перемещений населения произошли драматические изменения в этническом составе Венгрии. С трех сторон словаки, румыны и сербы переселялись в заброшенные деревни и пустующие сельхозугодья на волне габсбургского наступления. Поощряемые мадьярской знатью, нуждавшейся в рабочей силе, и правительством Габсбургов, нуждавшимся в налоговых поступлениях, иммиграция и колонизация южных округов в основном способствовали увеличению численности населения с 3,5 миллиона человек в 1720 году до 9 миллионов в 1787 году. В ходе этого процесса Венгрия была превращена в мультикультурное государство, в котором венгры составляли менее половины населения.