В конце XVII века Речь Посполитая отвоевала у Османской империи Правобережную Украину, и польские помещики вернулись в эту территорию. Сейм стремился лишить казаков всех их привилегий. Предсказуемо, казаки восстали и объявили себя подданными царя. Но Петр был больше озабочен тем, чтобы удержать поляков в войне против Швеции, чем приобретением правобережья. Он приказал казакам поддержать своего короля и отправил доверенного союзника, казацкого гетмана Ивана Мазепу, чтобы умиротворить запорожцев. Но когда в 1708 году Карл вторгся на Украину, Мазепа дезертировал, надеясь возглавить восстание, которое восстановило бы казацкую автономию во главе с ним самим. За ним последовала лишь горстка казаков, и они были разбиты шведской армией Карла под Полтавой в 1709 году. Петр приказал разрушить казачью крепость Сечь, "то проклятое место, которое есть корень зла", по его словам. Он урезал полномочия нового гетмана, Скоропадского, и вскоре после этого упразднил выборное гетманство - хотя оно и было восстановлено после его смерти, - написав казацким окольничим: "Как известно, со времен первого гетмана, Богдана Хмельницкого, и до Скоропадского все гетманы были предателями".
Преемник Мазепы, Филипп Орлик, продолжал в изгнании сотрудничать с османами в надежде восстановить казацкую автономию.
Политика Петра в области государственного строительства оказала парадоксальное влияние на социальную стабильность страны. Чем сильнее была централизация, навязанная Петром, тем больше усиливалось сопротивление пограничных народов экспансии имперского центра. Донской край сменил днепровскую излучину в качестве главного прибежища несогласных элементов русского общества.128 Среди них выделялись традиционные военные корпуса мушкетеров (стрельцов), возмущенных военными реформами Петра, которые лишили их привилегий и, более того, поставили под угрозу весь их уклад жизни. Когда их южные полки были расформированы, они созрели для восстания. Старообрядцы, и без того отчужденные от офциальной церкви и изгнанные на государственные рубежи, были еще больше потрясены бесцеремонным отношением Петра к религии и импортом иностранных культурных образцов. Несмотря на усилия правительства, поток беглых крестьян, спасавшихся от тяжкого бремени налогов и рекрутской повинности, не иссякал. Донские казаки все больше возмущались вмешательством государства в их экономическую жизнь и сопротивлялись неоднократным попыткам государственных чиновников вернуть беглецов, нашедших у них убежище. Брошенный Петром вызов традиционному праву убежища вызвал восстание казаков под предводительством одного из гетманов, Кондрата Булавина, которое на два года охватило большую часть нижнего Дона. Во многом оно дублировало восстание Разина, опираясь на то же недовольное пограничное население. Но ему не удалось привлечь на свою сторону местных соплеменников или скоординировать свои действия с Мазепой и запорожскими казаками, которые интриговали против Карла XII. Тем не менее, в разгар Северной войны, когда Карл продвигался на восток, в сторону Украины, Петр был вынужден послать большую регулярную армию, чтобы разгромить повстанцев на Дону. В результате боев были опустошены сотни тысяч гектаров полей, которые обрабатывали государственные крестьяне, снесены города и церкви. Репрессии были жестокими: 7-10 тысяч казаков были казнены, а тысячи ушли за границу Османской империи на службу султану. По сути, это означало конец донского казачества.
На протяжении XVIII века включение донского казачьего пограничья в состав Российского государства, как и Украины, было отмечено жестоким сопротивлением и вмешательством государства. После столетия мира борьба донских казаков за автономию возобновилась во время Русской революции и гражданской войны 1918-1920 годов. Более слабые отголоски можно было обнаружить даже во время Второй мировой войны. Пограничная традиция умерла с трудом.
Третье из крупных пограничных восстаний Северной войны охватило урало-камские территории башкир. Оно было вызвано политикой Петра, реквизировавшего лошадей для войны на западе и искавшего дезертиров. Плохие отношения между племенами и российскими чиновниками уже подготовили почву. Поддержанное мусульманским духовенством, восстание распространилось от реки Камы до Северного Кавказа. Русские потеряли контроль над большей частью центрального и южного Урала. Башкиры нанесли большой урон рудникам и металлургическим заводам, которые производили жизненно необходимые для русской армии железные изделия.